STOmicsDB——空间转录组数据分析分享数据库

文章：Xu, Z., Wang, W., Yang, T., Li, L., Ma, X., Chen, J., ... & Wei, X. (2024). STOmicsDB: a comprehensive database for spatial transcriptomics data sharing, analysis and visualization. Nucleic Acids Research, 52(D1), D1053-D1061. https://academic.oup.com/nar/article/52/D1/D1053/7416388

空间转录组数据库如雨后春笋般冒出来了，今天我们要介绍的是STOmicsDB，该网址：https://db.cngb.org/stomics/

该数据库整合了17 个物种的 221 个空间转录组数据库，如下所示：

数据库主要包含了四个模块：

• 资源中心模块：支持搜索文献、样本信息、多个样本和数据集的项目信息
• 数据提交模块：用户可以使用STOmicsDB提交多种数据类型，例如原始测序数据、空间转录组矩阵、注释文件、图像信息、以及下游分析结果，并且提供数据可视化服务。目前接受了30+个项目，数据量达200+TB
• 空间转录组专辑模块：STOmicsDB与各科研团队合作，共同开发了多个空间转录组专辑。包括ACSTA（拟南芥细胞类型特异性时空转录组图谱）、ATRISTA（蝾螈端脑发育与再生的空间转录组图谱）、Flysta3D（果蝇胚胎和幼虫的3D时空图谱）、MOSTA（小鼠器官发育时空转录组图谱）、MBA（猕猴大脑皮层多组学细胞图谱）和ZESTA（斑马鱼胚胎发生时空转录组图谱）
• 数据集分析与可视化模块：对7000+篇文献进行数据挖掘，构建了包含标准化处理、降维、聚类、细胞类型注释、差异分析、细胞通讯等的一套流程

另外分享其它实用的空间转录组数据库

• STOmicsDB（Spatial Transcript Omics DataBase）， 数据库链接：https://db.cngb.org/stomics/，（17个物种的218个人工处理的数据集），2022，深圳国家基因库和深圳华大生命科学研究院，
• SpatialDB，http://spatialomics.org/SpatialDB/index.php，2019，中国科学院生物物理研究所，发表在《Nucleic acids research》，5个物种（人类、小鼠、果蝇、秀丽隐杆线虫和斑马鱼）的24个空间转录组数据集
• SPASCER， https://ccsm.uth.edu/SPASCER
• Spatial Omics DataBase (SODB) ，2023 在《Nature Methods》发表，附带Python开发的软件工具，https://pysodb.readthedocs.io/en/latest/