Day 5_R数据结构-CG

原创

Crazy_George

修改于 2024-03-29 13:25:07

1360

修改于 2024-03-29 13:25:07

文章被收录于专栏：一周生信入门

数据类型

向量(Vector)
矩阵(Matrix)
数组(Array)
数据框(Data frame)
列表(List)

1. 向量Vector

首先了解元素的含义。元素是数字或字符串等，可以将元素细分为标量和向量。

标量和向量

标量：1个元素组成的变量

向量：多个元素组成的变量

给变量定义就是赋值。

> x <- c(1,2,3)#将x定义为由元素1，2，3组成的向量。
> x
[1] 1 2 3
> x <- c(1:10)#将x定义为1到10所有整数组成的向量
> x
 [1]  1  2  3  4  5  6  7  8  9 10
> x <- seq(1,10,by = 0.5)#将x定义为从1开始，每隔0.5取数，到10为止所组成的向量
> 
> x
 [1]  1.0  1.5  2.0  2.5  3.0  3.5  4.0  4.5  5.0  5.5  6.0  6.5  7.0  7.5  8.0  8.5  9.0
[18]  9.5 10.0
> x <- rep(1:3,times = 2)#将x定义为数字1-3，重复2次组成的向量
> x
[1] 1 2 3 1 2 3

上述代码不断给x赋值，每次新的赋值都会覆盖旧赋值。

2. 从向量中提取元素

2.1 根据元素位置

> x <- c(1:10)#将x定义为1到10所有整数组成的向量
> x
 [1]  1  2  3  4  5  6  7  8  9 10
> x[5]#提取向量x中的第5个元素
[1] 5
> x[-6]#提取向量x中除第六个元素以外其他元素
[1]  1  2  3  4  5  7  8  9 10
> x[2:4]#提取向量x的第二到第4个元素
[1] 2 3 4
> x[-(7:9)]#提取向量x中除7到9外元素
[1]  1  2  3  4  5  6 10
> x[c(2,8,4)]#提取向量x中第2、第8、第4个元素。
[1] 2 8 4

2.2 根据值

> x[x==10]#等于10的元素
[1] 10
> x[x<4]#向量x中的小于4的元素
[1] 1 2 3
> x[x %in% c(1,8,11,23)]#向量x中存在于c(1,8,11,23)的元素。
[1] 1 8

3. 数据框

3.1 MacOS新建txt文件：在工作目录下新建haha.txt文件。控制台 > 文本编辑 > 格式 > 改为纯文本，编辑后保存即为txt文本。

将"huahua.txt"文件保存到工作目录（Rproject管理项目的工作目录）

3.2 读取本地文档`x<- read.csv('haha.txt')`

help("read.table")代码在R中查看“read.table”的帮助文档。可查看函数各种参数用法。用好帮助文档，更好使用相关函数。

3.3 查看行名和列名、行数和列数

> colnames(x)#查看列名
[1] "X1" "X2"
> rawname(x)#函数名打错返回结果
Error in rawname(x) : could not find function "rawname"
> rowname(x)#函数名打错返回结果
Error in rowname(x) : could not find function "rowname"
> rownames(x)#正确查看行名函数
[1] "1" "2" "3" "4" "5"
> View(x)
> dim(x)#查看数据框几行几列
[1] 5 2

函数名确保正确，合理使用键盘tab键

3.4 数据框导出

write.table(x,file = 'xxx.txt',sep=",",quote =F )

运行结果展示为：

> x#首先展示变量x
  X1 X2
1  A  1
2  B NA
3  C NA
4  D  3
5  E NA
> write.table(x,file = 'yyy.txt',sep=",",quote =F )#将变量x导出为文件名“yyy.txt”,参数使用查看help(write.table)
> a <- read.table(file = 'xxx.txt', sep = ',',header = T)#重新读取“yyy.txt”,并将其赋值给a
> a#读取变量a
  X1 X2
1  A  1
2  B NA
3  C NA
4  D  3
5  E NA
>

注意导出文件和读取文件时参数的使用

3.5 变量的保存和重新加载

> save.image(file="bioinfoplanet_day4.RData")#保存当前所有变量
> save(a,file="day4_test.RData")#选择保存当前的1个变量
> load("day4_test.RData")#再次使用RData中的变量时重新加载命令

3.6 提取元素

提取元素练习过程和代码如下：

> a#变量a展示
  X1 X2
1  A  1
2  B NA
3  C NA
4  D  3
5  E NA
> a[3,1]#提取变量a第三行第一列
[1] "C"
> a[4,]#提取元素第四行
  X1 X2
4  D  3
> a[,1]#提取元素第1列
[1] "A" "B" "C" "D" "E"
> a[1]#也是提取变量第1列
  X1
1  A
2  B
3  C
4  D
5  E
> a[1:2]#提取变量a的第1到第2列
  X1 X2
1  A  1
2  B NA
3  C NA
4  D  3
5  E NA
> a[c(1,2)]#提取一个向量包含的列
  X1 X2
1  A  1
2  B NA
3  C NA
4  D  3
5  E NA
> colnames(a)#显示变量a的列名
[1] "X1" "X2"
> a[X1]#新手错误，多练习，多敲打键盘
Error: object 'X1' not found
> a$X1#提取列名为X1的列
[1] "A" "B" "C" "D" "E"

4. 额外练习

4.1 使用R中内置数据iris，提取某两列作散点图。

> colnames(iris)#查看iris数据框的列名
[1] "Sepal.Length" "Sepal.Width"  "Petal.Length" "Petal.Width"  "Species"     
> plot(iris$Sepal.Widt,iris$Petal.Width)#以Sepal.Widt(向量)列为横坐标，以Petal.Width(向量)为纵坐标作散点图。

4.2 保存脚本

脚本、RData文件按照Rproject根据不同生信项目保存。养成好习惯！！

5. 作业

save(a,file="test.RData")这句代码如果报错object a not found，是为什么，应该怎么解决？

练习中出现了相似问题，如下图：

解决方法：

确认是否保存变量名称是否在当前环境存在；我认为这种情况大多出现在变量名拼写错误，更正正确变量名即可。

内容参考微信公众号 生信星球，自己实践总结。

原创声明：本文系作者授权腾讯云开发者社区发表，未经许可，不得转载。

如有侵权，请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。

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