Rosetta安装攻略:开启蛋白质研究之门
Rosetta安装攻略:开启蛋白质研究之门
1.Background
很久很久之前就对Rosetta有所耳闻，有一篇文章叫做denovo protein design，说的就是用rosetta来设计蛋白质。
rosetta是david baker团队设计的软件，早期只是一个蛋白质结构预测软件，但是随着软件的更新和迭代，现在已经可以用来处理很多蛋白质设计的问题了。
rosetta的官网是：
https://www.rosettacommons.org/rosetta官网的介绍：
Overview
The Rosetta software suite includes algorithms for computational modeling and analysis of protein structures. It has enabled notable scientific advances in computational biology, including de novo protein design, enzyme design, ligand docking, and structure prediction of biological macromolecules and macromolecular complexes.
Rosetta is available to all non-commercial users for free and to commercial users for a fee. License Rosetta to get started.
Rosetta development began in the laboratory of Dr. David Baker at the University of Washington as a structure prediction tool but since then has been adapted to solve common computational macromolecular problems.
Development of Rosetta has moved beyond the University of Washington into the members of RosettaCommons, which include government laboratories, institutes, research centers, and partner corporations.
The Rosetta community has many goals for the software, such as:
Understanding macromolecular interactions
Designing custom molecules
Developing efficient ways to search conformation and sequence space
Finding a broadly useful energy functions for various biomolecular representationsrosetta中文版本的介绍
rosetta官网图片：
rosetta的相关论文，从2015年开始
2.Beginning
2.1下载
首先我们打开rosetta的网站，然后按照图片上的操作来点击。
然后我们点击学术下载：
这里的步骤需要验证一下邮箱，然后就可以获取到一个下载地址了。如果嫌麻烦的话，可以直接联系Tom获取rosetta的安装包。
2.2安装
本次安装是在Ubuntu服务器上安装，所以首先我们需要把安装包上传到服务器上，因为Tom是用本地电脑下载的压缩包。
anyway，大家用什么方法把文件移动到服务器上都可以。
下面我们就开始安装。
第一步先解压：
tar -xjvf rosetta_src_3.14_bundle.tar.bz2解压结束后可以看到有一个新的文件夹被创建了
第二步，进入对应的文件夹：
cd rosetta.source.release-371第三步，执行安装指令：
./scons.py mode=release bin
相信会有大家产生疑问，为什么要用scons呢？
放心，rosetta的官网给了解释：
当前的构建系统基于工具SCons（“软件构造函数”）并有一些扩展。scons.py实现为Python脚本。
官网的说明是这样的：
所以 参数 j 其实是指明了 进程数。
例如 如果在安装rosetta的时候加上 -j4 这个参数 就代表了 使用4个进程同时来进行安装
所以看懂了这条指令后，我果断输入了Ctrl+c 中断了当前的安装进程
然后输入：
./scons.py -j35 model=release bin发现速度可能变快了一些：
对，这里因为我的文件在root文件夹里，所以我在输入指令的时候需要加上sudo来获取root权限，这样才能有执行文件的权限。
安装ing ~~~~~
之前看教程一个国外的博主安装rosetta的时候用了7个小时
当我指定了使用35个进程的时候，安装速度提升了很多倍，大概只用了30分钟不到。所以，这个服务器的性能还是不错的。
下面我们来测试一下 是否安装成功：
2.3测试
指令：
(tf) tom@tom-7920-tower:~/rosetta/rosetta.source.release-371/main/source$ ./bin/AbinitioRelax.default.linuxgccrelease
可以发现有正常的rosetta报错，即可证明我们的rosetta安装成功啦。
腾讯云开发者
