生信入门马拉松之R语言基础-函数和R包(day 4)

生信技能树

函数和R包

R包介绍（R packages）

• R包是什么？

是多个函数打包存放，包含函数、数据、帮助文档、描述文件等。

• 为什么装R包？

相应包可以实现特定分析功能！

• 学一个R包要多久？伪命题

【小洁老师语录】目的不是学会某个具体的R包，而是找所有R包使用的规律

• R包在哪里？

官方网站CRAN网站-安装方式install.packages("包名")

生物R包网站Bioconductor-安装方式BiocManager::install("包名")

Github-安装方式devtools::install_github("作者用户名/包名")

• 不知道R包在哪里怎么办？

试安装命令

搜索引擎查R包关键词查找存放位置，然后用特定命令安装。

加载R包-library("R包")命令没有报错代表安装成功

library()和require()命令都可以加载R包。librar()和require()里加不加引号？不需要加引号

每次打开新的session，都需要重新加载R包

小洁老师语录密集轰炸来袭

【小洁老师语录】系统学习可以让你少问千万个问题 【小洁老师语录】能不能、行不行、二选一、两者区别等问题的统一解决办法：试一试、搜一搜、问问ChatGPT

• kimichat（月之暗面）：可以给它一篇文献，他可以读文献
• 虫部落快搜（网站集成）
• 猫狸盘搜/云盘搜索（涵盖很多网盘）：搜索资源
• bioinfoark：生物领域大模型

【小洁老师语录】高手是解决问题练出来的

• 怎么实现快速下载？

使用国内镜像-推荐清华或中科大镜像-设置镜像即可-网址在day4的R脚本

1. tools - global option -packages -primary CRAN repository中设置镜像，选择中科大或清华
2. 代码设置-day4的R脚本中

清华镜像

CRAN清华镜像

bioconductor清华镜像

中科大镜像

CRAN中科大镜像

bioconductor中科大镜像

R包安装和使用逻辑

• 安装-加载-使用包里的函数
• 已经安装的包可以用::快速调用包里的函数 比如：pheatmap::pheatmap(volcano)和library(pheatmap)+pheatmap(volcano)效果类似

如果后续长时间使用某个包，使用library()加载R包，如果只用一次，可以使用pheatmap::pheatmap(volcano)。

• if(!require(stringr))install.packages("stringr")#使用该代码，如果没有该包则安装。

as.logical(require(limma))#返回逻辑值

if(TRUE),后边代码被执行；if(FALSE),后边代码被跳过。

【小洁老师语录】R包安装成功的唯一标准：library()没有error，除了error其他都是浮云

• 安装包练习：

if(!require(data.table))install.packages("data.table")
if(!require(rio))install.packages("rio")
if(!require(tibble))install.packages("tibble")
if(!require(ggplot2))install.packages("ggplot2")
if(!require(ggpubr))install.packages("ggpubr")
if(!require(eoffice))install.packages("eoffice")
if(!require(patchwork))install.packages("patchwork")
if(!require(tidyr))install.packages("tidyr")
if(!require(dplyr))install.packages("dplyr")
if(!require(stringr))install.packages("stringr")
if(!require(qlcMatrix))devtools::install_github("cysouw/qlcMatrix")

• 安装过时包方法：

ad = "https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/qlcMatrix/qlcMatrix_0.9.7.tar.gz"
if(!require(qlcMatrix))install.packages(ad,repos = NULL)

疑问

package not available

• 包名写错
• 命令行错误
• 可能R语言版本不适配（极少）
• 包过时被剔除

【小洁老师语录】R语言版本99%情况下没有问题，但它总被无辜怀疑

是否更新包

能不更新就不更新，除非一直报错 安装命令加updata = F,ask = F两个参数就不会有询问命令行。

【小洁老师语录】学R语言要高冷，能no就no，no不行再yes；学Linux要听话，让你yes就yes

加载a包，报错b包不存在（a和b依赖包关系）

先装b包，再装a包

小规律：安装和加载过程中报错信息，注意看引号，引号里大多是依赖包的名字。

更新包：取消加载 > 卸载 > 重启session > 安装

关键词connection，internet，url，404，http，download等：网络限制-网络、镜像等

win电脑not waitable/permission denied：管理员方式打开Rstudio，重新运行。

win电脑中文用户名：修改环境变量

【小洁老师语录】大胆假设，小心求证，试错几乎没有成本 【小洁老师语录】一定要有验证、检查意识和能力

R包如何使用-查看帮助文档

test <- read.csv("exercise2.csv")

#我的答案(错误)
test[test$Species == c('a','c'),]#发生循环补齐，一对一比较,导致缺失

#正确答案

test[test$Species == 'a'|test$Species =='c',]#方法1
test[test$Species %in% c('a','c'),]#方法2
test[test$Species != 'b',]#方法3
##    Petal.Length Petal.Width Species
## 1           4.6         1.5       a
## 3           4.5         1.5       a
## 5           4.0         1.3       a
## 6           4.7         1.4       a
## 7           1.3         0.2       c
## 8           1.4         0.2       c
## 11          4.9         1.5       a
## 12          1.4         0.2       c
## 13          1.5         0.2       c
## 15          1.4         0.2       c

R包使用场景

• 某些流程使用某些包
• 学绘图，用到ggplot2
• 别人代买自己数据套，报错不会改
• 大多数包规律一致，不需要单独学习，用哪个函数学习哪个函数
• 少部分包有自学语法，比如ggplot2，dplyr等

R包如何使用

• 查看帮助文档
• 搜索引擎搜R包介绍页面

ls("package:包名")该命令可以列出R包里的函数或数据

R语言里的符号

()前是函数

[]前是向量数据框或矩阵取子集

[[]]列表取子集

$数据框取子集，列表取子集

<-赋值

= 赋值，或连接形式参数和实际参数

==判断是否相等

!否定

{}多行代码

举例认清函数和数据

ggstatsplot是一个功能强大的作图R包，这里使用ggbetweenstats和ggbarstat函数举例做图。通过安装ggstatsplot包然后使用帮助文档学习怎么使用R包。

if(!require(ggstatsplot))install.packages("ggstatsplot")
library(ggstatsplot)#尝试装ggstatsplot的包，学习使用它
colnames(iris)
ggbetweenstats(iris,x = "Species",y = "Sepal.Length")
y

ggstatsplot包里的ggbetweenstats函数作图

?ggbarstats#查看帮助文档

##ggbarstats的示例数据

# for reproducibility
set.seed(123)

# creating a plot
p <- ggbarstats(mtcars, x = vs, y = cyl)

# looking at the plot
p

# extracting details from statistical tests
extract_stats(p)

使用ggstatplot函数中的ggbarstats函数作图，数据源于示例文档

解决问题的思维

另外

source("04_other.R")#不打开脚本，全选运行！代码用的比较多的时候可单独放脚本，快速搬运运行！

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