首先是之前留下的一些小尾巴,一个附加题和一个练习题!
zcat Data/Homo_sapiens.GRCh38.102.chromosome.Y.gff3.gz | cut -f 3 |grep -v '#' | sort | uniq -c | sort -n
less -NS Data/example.gtf | awk '{print $10,$12,$14}' | sed 's/"//g' | tr -d ";" | head
ANACONDA
所有语言的包、依赖和环境管理器
Anaconda Navigator
为什么要使用Conda?
Conda主要是解决软件安装的问题
wget 相当于Linux上的迅雷
wget -c 断点续传 - - continue
安装后需要重新加载
查看conda的帮助文档说明安装成功!
常用conda install (主命令+子命令)
要配置好conda的频道才能用conda安装该频道的软件
1.找到需要添加的频道
2.复制链接地址
3.添加conda频道的命令:
conda config - - add channels <URL>
配置北京外国语大学的conda的channel地址(首选)
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes
查看配置镜像结果:
cat ~/.condarc
可以手动删除defaults这个频道,因为它是官方频道,有时候链接起来很慢
sed -i '/defaults/d' ~/.condarc
频道配置好之后需要创建独立小环境,然后再安装软件!
1.conda会改变原来设置好的环境
2.不同的软件的依赖会互相冲突
3.方便项目管理:基因组、转录组、Chip-seq……
不要往base环境里安装任何软件包
conda create -n rna
创建名为rna的conda小环境
-n 指定环境名称
conda activate rna
启动rna这个小环境
conda deactivate
退出rna这个conda小环境
conda env list/conda info --env
列出已经存在的小环境
在安装之前确保小环境被激活
conda可以一次安装多个软件,但是容易遇到报错
3个done表示下载完成
通过调用软件的帮助文档来检查是否下载成功
安装的软件和调用的软件不一定一样!
删除特定环境下的特定软件
conda remove -n rna fastqc
添加-y参数可以跳过确认执行的步骤
了解内容:用mamba让软件安装更加顺滑
安装mamba:conda install mamba
mamba的使用:
除启动环境外,所有conda的命令都可以用mamba来代替
原创声明:本文系作者授权腾讯云开发者社区发表,未经许可,不得转载。
如有侵权,请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。
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