新参考基因组：牛（bosTau5）

我们先来看一下牛基因组的百科介绍：

https://en.wikipedia.org/wiki/Bovine_genome[1]

一头雌性赫里福德奶牛的基因组于2009年发表。[1][2] 它是由牛基因组测序和分析联盟（Bovine Genome Sequencing and Analysis Consortium）测序的，该联盟是由美国国立卫生研究院（National Institutes of Health）和美国农业部领导的一个研究小组。[2][3] 这是改善牲畜繁殖的努力的一部分，当时是有史以来最大的基因组测序之一。[3][4]

基因组

牛基因组的大小为2.7 Gb（27亿个碱基对）。它包含大约35，092个 [4][5] 基因，其中14，000个是所有哺乳动物物种所共有的。牛与人类有80%的基因相同;与啮齿动物（人类和啮齿动物属于超灵长类）和狗（人类和狗属于北方真兽目）相比，牛与人类的相似性更小。它们也有大约1,000个基因与狗和啮齿动物共享，但在人类中没有发现。[5][6]绘制几种牛之间的关键DNA差异，也称为单倍型，可以让科学家了解一些编码具有经济价值的产品（牛奶，肉类，皮革）的基因的作用。它为加强选择性育种和改变某些牛的特征以造福农民开辟了新的前景。[6][7] [7][8]

团队

牛基因组测序和分析联盟（Bovine Genome Sequencing and Analysis Consortium）在六年的时间里对基因组进行了测序，其中包括由美国国家卫生研究院（NIH）和美国农业部（USDA）领导的25个国家的300名科学家。[2][9]

参考基因组下载（bosTau5）

网站：

https://bovinegenome.elsiklab.missouri.edu/downloads/ARS-UCD1.2[10]

下载参考基因组：bosTau5

# bosTau5
wget http://bovinegenome.elsiklab.missouri.edu/sites/bovinegenome.org/files/GCF_002263795.1_ARS-UCD1.2_with_y_refseq_chrids.fa.gz

下载基因注释信息：

# GTF
wget http://bovinegenome.elsiklab.missouri.edu/sites/bovinegenome.org/files/ARS-UCD1.2_RefSeq_all_proteincoding_with_symbol.gtf.gz

接下来就可以制作 STAR, Hisat2 等需要的参考基因组索引了。

最新参考基因组（bosTau9，2024-05-29）

# Genome assembly ARS-UCD2.0，bosTau9
https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/annotation_releases/9913/GCF_002263795.3-RS_2023_09/
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/genome/GCF_002263795.3/

最后

目前牛的参考基因组 Bos_taurus.ARS-UCD1.2 已经可以在 UseGalaxy.cn 平台使用了。如果您需要其他参考基因组，请随时告诉我们。

参考资料

[1]

https://en.wikipedia.org/wiki/Bovine_genome: https://en.wikipedia.org/wiki/Bovine_genome

[2]

[1]: https://en.wikipedia.org/wiki/Bovine_genome#cite_note-1

[3]

[2]: https://en.wikipedia.org/wiki/Bovine_genome#cite_note-BGSAC-2

[4]

[3]: https://en.wikipedia.org/wiki/Bovine_genome#cite_note-Lewin-3

[5]

[4]: https://en.wikipedia.org/wiki/Bovine_genome#cite_note-:0-4

[6]

[5]: https://en.wikipedia.org/wiki/Bovine_genome#cite_note-Cattle_genome_yahoo-5

[7]

[6]: https://en.wikipedia.org/wiki/Bovine_genome#cite_note-6

[8]

[7]: https://en.wikipedia.org/wiki/Bovine_genome#cite_note-7

[9]

[2]: https://en.wikipedia.org/wiki/Bovine_genome#cite_note-BGSAC-2

[10]

https://bovinegenome.elsiklab.missouri.edu/downloads/ARS-UCD1.2: https://bovinegenome.elsiklab.missouri.edu/downloads/ARS-UCD1.2