Day2 Linux

1. linux登录与使用

1.1 linux是什么？

linux和windows、mac一样，是个操作系统。

1.2 为什么学生信要用linux？

上游分析主要涉及原始数据的获取和初步处理，计算量大，消耗的资源较多，是在服务器上面完成的，服务器绝大多数都是linux系统。 下游分析则是指在上游分析的基础上，对数据后续的分析和可视化。例差异分析、富集分析、生存分析等。

因此，处理组学数据，就需要用到linux 和R语言啦。所以我们把这linux与R语言设为入门的必学知识。1.3xshell安装

xshell安装成功

2.linux必学命令

2.1pwd

pwd: print working directory，也就是显示当前路径

pwd命令

2.2 mkdir

mkdir ：make directory-- 创建你的空目录#后面是注释，就是解释代码的文字。 mkdir biosoft #存放生信软件 mkdir project #存放生信项目 mkdir tmp #存放一些杂七杂八 mkdir src #存放源代码2.3 ls

ls 显示列表，不管是目录还是文件，都能显示

ls命令

2.4 cd

2.4.1 cd接一个目录名，表示进入该目录

cd project/

cd命令

2.4.2 cd -：返回刚才的目录

cd -命令

2.4.3 进入你的家目录（就是服务器上面有一个文件夹叫bio0几，就是属于你的”家“）：直接cd ，效果与cd ~ 一致

cd和cd ~命令

2.4.4 返回上一级目录：cd ../

2.5 vi

vi 新建脚本或者文本文档（vi是linux中的文本编辑器） cd tmp

vi hello_world.txt 先保证电脑切换到了英文输入法，然后敲i键，就可以输入了 随便写点啥 按Esc键 #退出编辑模式

在左下角输入:x ，意思是保存并退出

vi命令

2.6 cat

cat接文本文件的名字，查看并直接将文本文件的内容输出到屏幕。 太长的文件一般不看全部，用head 接文本文件名，默认输出前10行，tail 接文本文件名，默认输出后10行，后面加上-n 自定义输出几行，注意-n与head之间有空格，-n与数字之间空格可有可无

cat命令

2.7 cp

2.7.1 cp file1 file2就是复制file1，命名为file2的意思

2.7.2 复制文件夹：

cd ../

cp -r tmp tmp2

ls

复制文件夹

2.8 mv

mv 将文件移入文件夹，或者重命名

使用：mv file 路径 是移动file到某路径下

使用：mv file1 file2是将file1重命名为file2

cd tmp

ls

mv new_file.txt ../

cd ../

ls

mv new_file.txt douhua.txt

ls

mv命令

2.9 rm

删除文件:rm 删除目录:rm -r

注意 你直接删除的只能是你所在的位置里的文件或者目录，不能在tmp里面删除tmp，具体点说

你要运行rm -r tmp这句命令，得在tmp的上一级里，也就是主目录里，不能cd tmp 或者任何其他目录，然后rm -r tmp

rm命令