生信入门 第三天
原创
This is my day 3 homework of BIC by 生信星球.
Content for today is software installation in Linux OS.
1. What is conda
conda is the quickest software download tool, similar to App store.
Minor version, miniconda is suitable for regular bioinformatic usage.
2. Download conda
conda is for all fields of applications. we use miniconda.
2.1 Where is miniconda
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
2.2 Download miniconda to the server
after loging in the server, then
cd biosoft
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3--latest-Linux-x86_64.sh
tips:
「for Windows」这里的粘贴不是ctrl+c和ctrl+V了，选中，鼠标左键点一下是复制，右键点一下是粘贴；
「for Mac」直接cmd + c 复制，cmd + v粘贴.
2.3 Installation
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
# press q to skip reading the information of edtions
source ~/.bashrc #activate conda, ~/ means home directory, .bashrc 是home目录下的一个shell文件，用于储存用户的个性化设置。
conda # run for test
2.4 Mirror configuration
# 使用北外的镜像, we can also choose another mirror which is closer to your location, check it on website
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
2.5 Try conda
2.5.1 List all packages on current server
conda list
2.5.2 Install the software you want
conda install fastqc -y #-y是yes，安装过程中conda问的问题全部回答yes。默认安装最新版本，但是有的软件新版本有bug，可能需要用到老版本，要指定版本号, e.g.，
#conda install fastqc=0.11.7 -ytest the intallation by read help file:
fastqc --help
2.6 Create conda environment
2.6.1 What is conda environment
Q: A项目你需要用a软件V 1.0版本，但是处理B项目又需要用到a软件的V 1.5版本，怎么办？
A: 按照你的项目，定制不同的分身，安装不同的软件，互不干扰。这个分身就是不同的“conda environment”。
check current what conda environment we have:
conda info --envs #(前面带*的就是当前激活的)Now we have only one, miniconda3.
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
#比如我们要处理转录组数据了，先建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic（这两个可以一步完成）(这里指定python版本是因为有的软件是基于python开发的，不是要你学python或者用它干什么。)
conda info --envs #再次查看一下我们的conda环境，看是不是多了一个rna-seq, however, 默认还是base
conda activate rna-seq #激活这个双开的conda, 看来是每次只能用其中一个分身。
conda deactivate #退出当前环境
conda info --envs #再看一下推出之后什么样。退回到原身激活的环境。
The end
原创声明：本文系作者授权腾讯云开发者社区发表，未经许可，不得转载。
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