Day3-鸭鸭
原创Day3-鸭鸭
原创
淘淘爱做白日梦
发布于 2024-06-10 01:41:28
发布于 2024-06-10 01:41:28
Day3_鸭鸭
1. conda：linux的应用商店；日常用Miniconda精华版
2. 下载conda
- ssh登录服务器
- cd进入biosoft目录
- wget：下载脚本文件
3. 安装
输入以下代码，开始安装，中间出现很多的版权信息，按q跳过，不行就回车；看到问no、yes一律回yes
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh看到以下文字说明安装成功！
成功后需要激活：
source ~/.bashrc #激活conda的代码,注意空格
conda #出现满屏的信息说明成功了4. 配置conda镜像
所谓镜像，相当于主网站的副本，conda在国外，配镜像能加快下载速度
# 使用北外的镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes5. 使用conda
（1）conds list：查看当前服务器上安装的所以软件
（2）安装软件
conda install fastqc=0.11.7 -y
#-y是yes，安装过程中conda问的问题全部回答yes
#默认最新，新的有bug，可指定版本号（3）确认是否安装成功
输入fastqc --help，若看到大片文字，说明成功
6. 创建conda环境
（1）先看当前conda有哪些环境
前面带*的就是当前激活的
（2）创建新环境
比如我们要处理转录组数据了：
先建立一个名叫rnaseq的conda环境，
然后指定python版本是3，
安装软件fastqc、trimmomatic（这两个可以一步完成）
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y（3）激活新环境
这时默认的*就会转移到rna-seq前面；另外你会发现在用户名root前面出现了(rna-seq)
（4）fastqc查看是否可以使用
（5）退出环境
conda deactivate原创声明：本文系作者授权腾讯云开发者社区发表，未经许可，不得转载。
如有侵权，请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。
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