利用GEO2R在线进行DEG表达分析

GEO2R 是一个交互式网络工具，允许用户比较GEO系列中的两组或多组样品间鉴定在实验条件下差异表达的基因。GEO2R 使用 DESeq2 、GEOquery 和 limma 对 NCBI 计算的原始计数矩阵进行差异表达分析。生信技能树公众号就介绍过：作者仅提供了fpkm格式表达量矩阵的转录组测序数据集该如何重新分析呢

它可以处理各种实验设计和数据类型，并可以对P值进行多次测试校正，以帮助纠正错误的发生。因此，对于不熟悉利用R进行分析的小伙伴非常友好！这里，我们有必要带领大家熟悉一下该在线工具的使用：

1. 以数据集为例，其包含60个经典细胞系，15个药物处理组，数据量信息较大。

2. 使用GEO2R进行分析 ，只有显示"Analyze with GEO2R"的数据集才可以进行此分析。

3. 在“Set”处可以选择需要展示的列表信息。

4. 这里，我们仅以其中一个细胞系为例进行分析，这样分组比较清晰，就是不同浓度的cisplatin药物处理不同时间，两个变量的不同梯度，差异分析的组合还是在合理范围。在“Define groups”处对组别进行定义。

5. 定义组别，点击enter键保存分组。然后，把相应的样本归属到不同组别中。直接选中相应的样本，点击对应的组别即可。

6. 设置分析参数，平台最多可以进行5个比较组的分析。

7. 点击Analyze分析即可。但是，因为我选择的样本每组只有一个生物学重复，因此结果报错了。

当重新选择分组，每组包含多个生物学重复后，再次分析就可以生成相应的火山图，底下是所有的差异基因信息。

8. 结果文件包括基因探针名、校正的P值、P值、T检验、logFC值、基因名，直接下载就可以得到所有的差异基因的信息了。

9. 对结果进行解读（详情查看：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/info/geo2r.html#interpret ）

是不是看起来跟自己写代码一模一样的差异分析一条龙啊！