21天精通单细胞数据分析Day03：10X单细胞RNA数据集的预处理

单细胞RNA测序分析是转录组学研究前沿的一个快速发展领域，用于高通量的发育研究和稀有转录本研究，以检查细胞群体内的细胞异质性。细胞分辨率和全基因组范围的分析使我们能够得出以前使用批量RNA-seq无法得出的新结论。这种分析需要大量的统计知识、湿实验室协议以及一些机器学习知识，以应对数据的变异性和稀疏性。10x 基因组学提供了高通量解决方案，快速推动了这一领域的发展，克服了以往由于低覆盖率和每个样本的细胞数量少而普遍存在的不确定性。

10x 基因组学时代

10x 基因组学不仅提供了一种成本效益高的高通量解决方案来理解单个细胞水平上的样本异质性，而且定义了该领域的标准，许多下游分析包现在都在争先恐后地适应这些标准。

文库制备

10X条码编码的凝胶珠由一组池条码组成，这些条码用于分别索引每个细胞的转录组。通过流式细胞仪将单个凝胶条码传递给每个细胞，每个细胞沿液管单行排列，并标记有10X凝胶珠。然后，细胞在成千上万的纳升级液滴中相互隔离，每个液滴由一个独特的10X条码描述，该液滴中的所有读取都与它们一起进行逆转录（RT），将mRNA重建成cDNA对应物。然后去除油，并将所有（现在带有条码的）cDNA读取汇集在一起进行测序。

尽管大约使用了300万个10x凝胶条码，但由于大部分液滴（超过90%）是空的以确保其余液滴只包含一个细胞，因此在样本中实际定性分析的数量约为10,000。

分析策略

本教程的第一部分本质上是一个一键式的”即点即忘”解决方案，用于去多重化和量化单细胞RNA测序数据，在这一至关重要的阶段所需的复杂性大多被简化为一个步骤。

具体分析过程请到教程网站进行:

https://usegalaxy.cn/training-material/topics/single-cell/tutorials/scrna-preprocessing-tenx/tutorial_ZH-CN.html