单细胞no.1

原创

用户10300557

发布于 2024-06-18 09:28:38

1370

发布于 2024-06-18 09:28:38

文章被收录于专栏：生信学习111

安装包版本是4.3.1，看到有4.4.1,所以从安装这部分内容开始，引用资料图片文字等来源于花花老师的生信星球公众号，我的生信入门公众号。

1R and Rstudio

1install

要先安装R，注意直接下载太慢，用镜像会好一点，注意要先安装R，不要更改安装目录，不要更改安装目录，不要更改安装目录，重要的事情多说几遍，之后安装rstudio。简单介绍一下R，R是一种编程语言，也是统计计算和绘图的环境，它汇集了许多函数，能够提供强大的功能。R语言软件界面简陋，通常不直接使用，而是用图形界面的Rstudio。这个要注意设置权限为完全控制（R的Library,R.exe,还有rstudio)。

2注意事项

用Rproject管理工作目录，注意一个项目最好有一个单独的文件夹，有一个新建的Rproject，这样不容易弄混，因为R语言只能和一个文件夹互动，如果换来换去会非常麻烦。

3 一些简单数据结构

(1)向量

标量是一个，向量是多个元素有序排列组成的

赋值

> a
[1] 1 2 5 8 9
> a<- 1:15 #从1-15之间所有的整数x
> a
 [1]  1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15
> c<- seq(1,5,by = 0.5) #1-5之间每隔0.5取一个数（注意是逗号不是分号）
> c
[1] 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0
> a<- rep(1:3,times=3) #1-3 重复3次
> a
[1] 1 2 3 1 2 3 1 2 3

提取

> a[4] #a第4个元素
[1] 1
> a[-4]#除了第4个元素之外剩余的元素
[1] 1 2 3 2 3 1 2 3
> a[3:4]#第3到4个元素
[1] 3 1
> a[-(2:4)]#除了第2-4个元素
[1] 1 2 3 1 2 3
> a[c(1,3)] #第1个和第3个元素
[1] 1 3

> a[a==2]#等于2的元素
[1] 2 2 2
> a[a>1]
[1] 2 3 2 3 2 3
> a[a %in% c(1,2)]#存在于向量c（1，2）中的元素
[1] 1 2 1 2 1 2

(2) 数据框

一个几行几列的数据形式

提取方式用的是中括号

a[x,y]#第x行第y列
a[x,]#第x行
a[,y]#第y列
a[y] #也是第y列
a[a:b]#第a列到第b列
a[c(a,b)]#第a列和第b列
a$列名#也可以提取列（Tab自动补全）

3 安装和加载R包,R包是多个函数的集合(会用就行，不必精通)

(1) 镜像设置

options("repos"=c(CRAN="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
options(BioC_mirror="https://mirrors.westlake.edu.cn/bioconductor")

(2) 安装并且加载R包

#安装来自cran的stringr包
install.packages("stringr")
#安装来自Biocductor的limma包
BiocManager::install("limma")
library(dplyr) #用library加载，不报错就行

day4

1批量装包，if语句和for 循环语句的联用

#首先是设置镜像
options("repos"="https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/")
if(!require("BiocManager")) install.packages("BiocManager",update = F,ask = F)
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
#来自cran的包放在一个向量里
cran_packages <- c('tidyverse',
                   'msigdbr',
                   'patchwork',
                   'SeuratObject',
                   'Seurat'
) 
#来自bioconductor的包放在一个向量里
Biocductor_packages <- c('sva',
                         'monocle',
                         'GOplot',
                         'GSVA',
                         'plotmo',
                         'regplot',
                         'scRNAseq',
                         'BiocStyle',
                         'celldex',
                         'SingleR',
                         'BiocParallel'
)
#用for循环批量安装来自cran的包
for (pkg in cran_packages){
  if (! require(pkg,character.only=T,quietly = T) ) {
    install.packages(pkg,ask = F,update = F)
    require(pkg,character.only=T) 
  }
}

#用for循环批量安装来自bioconductor的包
for (pkg in Biocductor_packages){
  if (! require(pkg,character.only=T,quietly = T) ) {
    BiocManager::install(pkg,ask = F,update = F)
    require(pkg,character.only=T) 
  }
}
#再次加载所有包，检查有没有没安装好的
for (pkg in c(Biocductor_packages,cran_packages)){
  require(pkg,character.only=T) #require也可以换成library,livbrary没有error就行,require中一些warning需解决，非常幸运没有，yeah。
}
#查看Seurat的版本
packageVersion("Seurat")

2函数

(1) require和library 每次用之前都要加载

require 可以返回逻辑值，这个是第一次听说呀,直接判断是否安装

as.logical(require(limma))
## [1] TRUE
as.logical(require(dplyr))
## Loading required package: dplyr
## [1] FALSE

(2) if 语句

条件语句，判断是否执行

if(TRUE)print("Hello")
## [1] "Hello"
if(FALSE)print("Hello")

(3) for 循坏，if语句直接实现分情况批量安装

(4) 循环时要加的参数ask,update,character.only

for (pkg in cran_packages){
  if (! require(pkg,character.only=T,quietly = T) ) {
    install.packages(pkg,ask = F,update = F)
    require(pkg,character.only=T) 
  }
}

ask = F,update = F必须要加是因为装包经常被问是否更新，如果一个包被问了，后面的代码就会被当作对“是否更新”这个问题的回答，那循环里的其他包就执行不下去了。

character.only=T是为了消除歧义，不要把pkg这三个字母识别为一个包名，因为他是变量名，每次执行代码时会换不同的包名。有些时候可能不能理解，但是你会用就行。