单细胞分析一 下载数据，加载Seurat 包

一、才GEO数据库下载10X Genomics数据，以单个样本为例

搜索GEO官网，输入GSE编号直接下载单个样本的10X Genomics数据

1. barcodes.tsv.gz：包含每个细胞的条形码信息。
2. features.tsv.gz：包含基因或特征的信息。
3. matrix.mtx.gz：包含稀疏计数矩阵，记录了每个细胞中每个基因的表达计数。

GEO网页

二、用R语言的Seurat包读入数据，并创建Seurat对象

参考教程：单细胞实战(1)数据下载-数据读取-seurat对象创建-腾讯云开发者社区-腾讯云 (tencent.com)

重点介绍我加载Seurat包的报错，以及最后怎么解决的

install.packages("Seurat")

library(Seurat)

报错了：Error: package or namespace load failed for ‘Seurat’ in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]): 载入了名字空间‘Matrix’ 1.5-3，但需要的是>= 1.6.1

表明 Seurat 包需要比当前安装的 Matrix 包版本更高的版本

尝试先卸载再重新安装：

remove.packages("Matrix")
install.packages("Matrix")

安装完成后，再次尝试加载 Seurat 包：

library(Seurat)

仍然报错？？？

Error: package or namespace load failed for ‘Seurat’ in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]): 载入了名字空间‘Matrix’ 1.5-3，但需要的是>= 1.6.1

最后发现，Matrix没有删除干净，之前下载过其他版本R包，仍有Matrix

移除旧版本的包： remove.packages('Matrix')

remove.packages('SeuratObject')

remove.packages('Seurat')

确保包已被卸载： if ("Matrix" %in% installed.packages()) {stop("Matrix package was not successfully removed.") }

if ("SeuratObject" %in% installed.packages()) { stop("SeuratObject package was not successfully removed.") }

if ("Seurat" %in% installed.packages()) { stop("Seurat package was not successfully removed.") }

输出发现：Error: Matrix package was not successfully removed.

确认当前安装的 Matrix 包的位置： find.package("Matrix")

手动删除 Matrix 包文件夹： 根据上一步找到的路径，手动删除该目录下的Matrix 包 文件夹。

重启R会话

if ("Matrix" %in% installed.packages()) {

stop("Matrix package was not successfully removed.")

} else {

message("Matrix package has been successfully removed.")

}

输出：Matrix package has been successfully removed

重新安装 Matrix 包：官网下载需要的Matrix包的版本：Index of /src/contrib/Archive/Matrix (r-project.org)

下载后放在Rpackages常用目录下

install.packages("D:/packages/Matrix_1.6-1.tar.gz", repos = NULL, type = "source")

查看 Matrix 包版本

packageVersion("Matrix") # 应返回‘1.6-1’

最后安装 Seurat 包

install.packages("Seurat")

library(Seurat)

注如果安装 Seurat 包还有问题

手动下载：https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/SeuratObject/SeuratObject_4.1.4.tar.gz

https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/Seurat/Seurat_4.4.0.tar.gz

下载后放在Rpackages常用目录下

安装 Seurat 包

install.packages("D:/packages/SeuratObject_4.1.4.tar.gz", repos = NULL, type = "source")

install.packages("D:/packages/Seurat_4.4.0.tar.gz", repos = NULL, type = "source")

library(Seurat)