前往小程序,Get更优阅读体验!
立即前往
首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
社区首页 >专栏 >如何在R语言中安装plink2R用于读取plink二进制文件

如何在R语言中安装plink2R用于读取plink二进制文件

作者头像
邓飞
发布2024-06-21 08:47:44
780
发布2024-06-21 08:47:44
举报

plink2R的github:

10年之前的包,没有更新,但是有用。所以,安装一下。

R语言是昨天安装的R3.6版本(Linux系统安装老版本的R语言,比如R3.6?)。

1,系统中有git(如果没有,通过手动下载上传也是一样的)

通过git下载:

代码语言:javascript
复制
git clone https://github.com/gabraham/plink2R.git

手动下载:

下面以手动下载的文件为演示:

上传到系统中,解压,进入文件:

代码语言:javascript
复制
$ ls
data.bed  data.bim  data.fam  plink2R  plink2R.R  README.md

进入R3.6:

代码语言:javascript
复制
install.packages('plink2R/',repos=NULL)
ERROR: dependencies ‘Rcpp’, ‘RcppEigen’ are not available for package ‘plink2R’
* removing ‘/home/gwas/R3.6/lib/R/library/plink2R’
Warning message:
In install.packages("plink2R/", repos = NULL) :
  installation of package ‘plink2R/’ had non-zero exit status

报错,缺少两个R包,接着安装:

代码语言:javascript
复制
install.packages(c("Rcpp","RcppEigen"))

最后安装:

代码语言:javascript
复制
install.packages("plink2R/",repos=NULL)

安装成功:

代码语言:javascript
复制
installing to /home/gwas/R3.6/lib/R/library/00LOCK-plink2R/00new/plink2R/libs
** R
** byte-compile and prepare package for lazy loading
** help
Warning: /home/gwas/test/plink2R/plink2R/man/plink2R-package.Rd:33: All text must be in a section
Warning: /home/gwas/test/plink2R/plink2R/man/plink2R-package.Rd:34: All text must be in a section
*** installing help indices
** building package indices
** testing if installed package can be loaded from temporary location
** checking absolute paths in shared objects and dynamic libraries
** testing if installed package can be loaded from final location
** testing if installed package keeps a record of temporary installation path
* DONE (plink2R)
> library(plink2R)
Loading required package: Rcpp
Loading required package: RcppEigen
>

测试数据:

代码语言:javascript
复制
library(plink2R)
dat <- read_plink("data")
dim(dat$bed)
dim(dat$fam)
dim(dat$bim)
本文参与 腾讯云自媒体同步曝光计划,分享自微信公众号。
原始发表:2024-06-13,如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

本文分享自 育种数据分析之放飞自我 微信公众号,前往查看

如有侵权,请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。

本文参与 腾讯云自媒体同步曝光计划  ,欢迎热爱写作的你一起参与!

评论
登录后参与评论
0 条评论
热度
最新
推荐阅读
领券
问题归档专栏文章快讯文章归档关键词归档开发者手册归档开发者手册 Section 归档