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社区首页 >专栏 >如何在R语言中安装plink2R用于读取plink二进制文件

如何在R语言中安装plink2R用于读取plink二进制文件

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邓飞
发布2024-06-21 08:47:44
2720
发布2024-06-21 08:47:44
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文章被收录于专栏:育种数据分析之放飞自我

plink2R的github:

10年之前的包,没有更新,但是有用。所以,安装一下。

R语言是昨天安装的R3.6版本(Linux系统安装老版本的R语言,比如R3.6?)。

1,系统中有git(如果没有,通过手动下载上传也是一样的)

通过git下载:

代码语言:javascript
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git clone https://github.com/gabraham/plink2R.git

手动下载:

下面以手动下载的文件为演示:

上传到系统中,解压,进入文件:

代码语言:javascript
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$ ls
data.bed  data.bim  data.fam  plink2R  plink2R.R  README.md

进入R3.6:

代码语言:javascript
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install.packages('plink2R/',repos=NULL)
ERROR: dependencies ‘Rcpp’, ‘RcppEigen’ are not available for package ‘plink2R’
* removing ‘/home/gwas/R3.6/lib/R/library/plink2R’
Warning message:
In install.packages("plink2R/", repos = NULL) :
  installation of package ‘plink2R/’ had non-zero exit status

报错,缺少两个R包,接着安装:

代码语言:javascript
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install.packages(c("Rcpp","RcppEigen"))

最后安装:

代码语言:javascript
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install.packages("plink2R/",repos=NULL)

安装成功:

代码语言:javascript
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installing to /home/gwas/R3.6/lib/R/library/00LOCK-plink2R/00new/plink2R/libs
** R
** byte-compile and prepare package for lazy loading
** help
Warning: /home/gwas/test/plink2R/plink2R/man/plink2R-package.Rd:33: All text must be in a section
Warning: /home/gwas/test/plink2R/plink2R/man/plink2R-package.Rd:34: All text must be in a section
*** installing help indices
** building package indices
** testing if installed package can be loaded from temporary location
** checking absolute paths in shared objects and dynamic libraries
** testing if installed package can be loaded from final location
** testing if installed package keeps a record of temporary installation path
* DONE (plink2R)
> library(plink2R)
Loading required package: Rcpp
Loading required package: RcppEigen
>

测试数据:

代码语言:javascript
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library(plink2R)
dat <- read_plink("data")
dim(dat$bed)
dim(dat$fam)
dim(dat$bim)
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原始发表:2024-06-13,如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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