一键分析ChIP-seq数据

ChIP-seq是一种结合位点分析法，用于研究体内蛋白质与DNA相互作用。通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)与第二代测序技术相结合，在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区域。

实验过程

流程简介

1. 1. fastp：原始数据质控，将 Raw data 转换成 Clean data。
2. 2. bowtie2：将经过质控的 Clean data 比对到参考基因组上，得到比对文件（BAM格式）。
3. 3. picard：去除 BAM 文件中的 PCR 重复。
4. 4. macs2：检出 ChIP-seq 峰。
5. 5. MultiQC：汇总 fastp，bowtie2 以及 macs2 的统计结果。

运行流程

进入网站

https://usegalaxy.cn

找到流程

参数设置

本流程支持 ChIP-seq 双端测序、有对照样本的数据分析，需要设置的参数如下图所示：

需要注意的是有效基因组大小，指的是基因组可比对（mappable）区域的大小。可以参照如下网站：

https://deeptools.readthedocs.io/en/develop/content/feature/effectiveGenomeSize.html

该网站上计算好了常见基因组的有效大小，也可以利用其介绍的工具自行计算。

输出结果

fastp 输出：

• • 质控结果 HTML （对照）
• • 质控结果 HTML （实验）

bowtie2 输出：

• • 比对统计（对照）
• • 比对统计（实验）

picard 输出：

• • 去重后的 BAM （对照）
• • 去重后的 BAM （实验）

macs2 输出：

• • 峰值文件（Narrow Peaks）

MultiQC 输出：

• • 统计结果汇总 HTML（来源于 fastp，bowtie2，macs2）

注意事项

本流程采用 bowtie2 作为比对工具，目前 Galaxy 平台上构建了常见物种基因组的 bowtie2 索引文件，如果您需要的基因组索引不存在，欢迎联系我们添加。

一键分析10X单细胞数据（点击图片跳转）

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