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社区首页 >专栏 >慢性病毒性肝炎(二)中性粒细胞亚群细分策略

慢性病毒性肝炎(二)中性粒细胞亚群细分策略

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生信技能树jimmy
发布2024-06-25 20:42:23
770
发布2024-06-25 20:42:23
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文章被收录于专栏:单细胞天地单细胞天地

书接上回,继续对中性粒细胞亚群进行细分——

这回主要看看作者提出中性粒细胞以后干了些啥~

高表达基因展示(热图与堆叠小提琴图)

C4看起来不像中性粒细胞呀,其中RPL5RPS12RPL13RPL4RPL10RPL23A都是核糖体相关蛋白而非中性粒细胞特异性marker,此外HLA-DPA1HLA-DPB1HLA-DRA都是MHC-II型基因,似乎不表达于中性粒细胞?

top通路富集分析

IREA分析

Immune Response Enrichment Analysis (IREA) https://www.immune-dictionary.org/app/home

2023年底才出来的新东西啊!Cui, A., Huang, T., Li, S. et al. Dictionary of immune responses to cytokines at single-cell resolution. Nature 625, 377–384 (2024). https://doi.org/10.1038/s41586-023-06816-9

浸润分数

成熟状态评估

做中性粒细胞基本抛不开中性粒细胞“成不成熟”的问题,文章因此也根据以往的文献对应的marker对这四个亚型进行了大致的界定:

[1] Kwok I, Becht E, Xia Y, Ng M, Teh YC, Tan L, et al. Combinatorial single-cell analyses of granulocyte-monocyte progenitor heterogeneity reveals an early uni-potent neutrophil progenitor. Immunity 2020;53:303–318.e5. [2] Ng LG, Ostuni R, Hidalgo A. Heterogeneity of neutrophils. Nat Rev Immunol 2019;19:255–265.

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原始发表:2024-06-23,如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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