嘴对嘴的单细胞上游处理（从fastq开始）
原创
从GEO中选择示例数据：GSE181454。因为作者上传的10x输入文件比较古老（cellranger V2定量），我们重新运行该过程。
在ENA数据库中输入上述GSE编号
可以看到数据上传者未对fastq文件进行正确命名，同一个样本及实验编号下有两个不同的fastq文件，猜测是将R1、R2命名成了不同的前缀。
为了验证这一猜想，我们在SRA网站查找了该数据的信息
可以肯定的是该数据集仅有2个样本，ENA数据库中4个Run Accession应该是作者的迷惑操作
随便点开一个样本可以看到实验编号与ENA中一致，可以确定是没有规则命名的R1与R2文件
不需要从SRA开始了- -
接下来我们在ENA数据库中的Read files下勾选aspera选项，然后下载TSV文件。
打开后即可得到fastq文件的下载链接（图中fasp开头即为aspera链接）
原创声明：本文系作者授权腾讯云开发者社区发表，未经许可，不得转载。
如有侵权，请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。
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