嘴对嘴的单细胞上游数据分析(从fastq开始).Day2 使用aspear批量下载fastq文件

原创

用户10455752

发布于 2024-06-28 02:39:11

1210

发布于 2024-06-28 02:39:11

通过昨天下载的TSV文件，我们得到了对应fastq文件的下载链接。接下来在Linux服务器上部署aspera并批量下载。

#安装kingfisher
#多次尝试，只有克隆github上的库可以成功运行，建议凌晨进行这一步(个人经验，此时网络较快)
git clone https://github.com/wwood/kingfisher-download
cd kingfisher-download
mamba env create -n kingfisher -f kingfisher.yml
mamba activate kingfisher
cd bin
export PATH=$PWD:$PATH
kingfisher -h


#创建存放文件的目录并将其设置为工作目录
mkdir ../MultiSet
cd MultiSet
#下载GSE217727的上游数据
mkdir GSE217727/
cd GSE217727/


#使用kingfisher进行下载      1表示运行日志，最后的&表示后台挂起
kingfisher get -p PRJNA900232 -m ena-ascp ena-ftp prefetch aws-http 1>down_PRJNA90023.log 2>&1 &
kingfisher  annotate -p PRJNA793914 -f csv --all-column -o ./annotate_info.csv