嘴对嘴的单细胞上游数据处理(从fastq开始).Day3检查文件完整性

#创建环境
mamba create -n aspera
mamba activate  aspera
mamba install -c hcc -y aspera-cli
ascp -h

vim link.txt
#按i开始编辑
fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR222/040/SRR22255740/SRR22255740_1.fastq.gz
fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR222/040/SRR22255740/SRR22255740_2.fastq.gz
#输入链接后按esc然后输入   :wq（冒号和字母都要输入）退出并保存

vim download.sh

cat link.txt | while read id 
do
ascp -QT -l 500m -k 1 \
-i  /home/data/user/miniconda/envs/pkgs/aspera-cli/etc/asperaweb_id_das.openssh \
#这个后面是openssh密钥的路径，可以用find ~ -name asperaweb_id_dsa.openssh找到你的路径 \
ear-fasp@$id .
done

nohup bash download.sh >download.log 2>&1 &

nohup md5sum -c md5.txt >check.log