生信技能树学习笔记
复制环境
*conda中环境是可以分享的,比如师兄师姐之前分析时用到的软件可以作为文件导出,并分享给新的用户。
具体方法如下:
• 导出当前环境:
• conda env export envname > env.yml
• 导入环境:
• conda env create -n envname --file env.yml
这个课程中用到的环境文件在这个网盘里:
链接:https://pan.baidu.com/s/1p7ui2Oxf6goshGUzL2gcQg?pwd=1234
提取码:1234
--来自百度网盘超级会员V6的分享
1.首先将文件上传到base环境下
2.打开这个文件
3.安装
软件安装过程中报错的解决
• 常见报错及解决方法:一直在 Solving environment?
1. 网络较差,换个时间试试
2. conda clean -a 清空环境中的缓存
• 常见报错及解决方法:频道404?
添加的频道不存在,从.condarc文件中删除错误频道后重新添加
conda config --add channels https://xxxxx
依赖库文件缺失。
解决办法:缺啥补啥
如果提示缺失libtbb.so.2 conda install tbb=2020.3
libstdc++.so.6 conda install libstdcxx-ng=9.1.0
另一个解决方案
libstdc++.so.6 conda install libgcc
cp ~/miniconda3/lib/libstdc++.so.6 ~/miniconda3/envs/rna/lib/
解决方案3
libstdc++.so.6 conda update –all
解决方案4
libstdc++.so.6 export LD_LIBRARY_PATH
samtools 调⽤报错
如下图,使⽤ conda 在⼩环境中安装 samtools 后,调⽤帮助⽂档报错:
解决⽅法:
# 去到 miniconda ⽂件夹中⼩环境的对应的 lib ⽬录下
$ cd ~/miniconda3/envs/rna/lib
$ ls libtinfow.so*
libtinfow.so libtinfow.so.6 libtinfow.so.6.2
# 可以看到samtools 依赖的 libtinfow.so.5 不存在,但是有 libtinfow.so.6,可以⽤软链接
$ ln -s libtinfow.so.6 libtinfow.so.5
$ cp libtinfow.so.6 libtinfow.so.5
salmon 调⽤报错
如下图,使⽤ conda 在⼩环境中安装 salmon 后,调⽤帮助⽂档报错:
解决⽅法:salmon 默认安装的版本太旧了,更新⼀下即可:
conda update salmon
fastp
使⽤ conda 在⼩环境中安装 fastp 后,调⽤帮助⽂档报错
fastp: ~/miniconda3/envs/rna/bin/../lib/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.22' not
found (required by fastp):
解决⽅法:
参考:https://blog.csdn.net/u010987458/article/details/71702938/
用命令
conda install libgcc
cp ~/miniconda3/lib/libstdc++.so.6 ~/miniconda3/envs/rna/lib/