生信分析中linux的使用5-grep

生信技能树学习笔记

Linux文本处理——grep

grep：一种强大的文本搜索工具，它能使用正则表达式匹配模式搜索文本，并把匹配的行打印出来

格式：grep [options] pattern file

常见参数：

-w：word 精确查找某个关键词 pattern

-c：统计匹配成功的行的数量

-v：反向选择，即输出没有没有匹配的行

-n：显示匹配成功的行所在的行号

-r：从目录中查找pattern

-e：指定多个匹配模式

-f：从指定文件中读取要匹配的 pattern

-i：忽略大小写

示例

问题1：精确查找某个内容

精确后-w

问题2：当单词前后有符号如何精确匹配

带着前后一起匹配

如何打空格 ：ctrl+V+I

问题·3：统计匹配上的行数。

问题4：反向选择，统计不包含的行。

问题5：多个关键词匹配？-e

方法二 创建关键词文件 用grep 读取

正则表达式：是对字符串操作的一种逻辑公式，就是用事先定义好的一些特定字符、及这些特定字符的组合，组成一个“规则字符串”，这个“规则字符串”用来表达对字符串的一种过滤逻辑。

^ 行首

$ 行尾

. 换行符之外的任意单个字符

? 匹配之前项0次或者一次

另一种方法 -E 后面的字符都识别为正则表达式

+ 匹配1次或者多次

* 匹配0次或者多次

{n} 匹配n次

{n,} 匹配至少n次

{m,n} 至少m,最多n

[] 匹配任意一个

[^] 排除字符

| 或者