文献解读-液体活检-第十九期|《不同 DNA 测序平台的标准化比较》

关键词：液体活检；基因测序；变异检测；

文献简介

• 标题（英文）：Copy number profiling of circulating free DNA predicts transarterial chemoembolization response in advanced hepatocellular carcinoma
• 标题（中文）：循环游离 DNA 的拷贝数分析可预测晚期肝癌的经动脉化疗栓塞反应
• 发表期刊：Molecular Oncology
• 作者单位：福建医科大学等
• 发表年份：2021
• 文章地址：https://doi.org/10.1002/1878-0261.13170

图1 文献简介

经动脉化疗栓塞（TACE）是晚期肝癌（HCC）最常用的治疗方法，但仍然缺乏准确的实时生物标志物来监测其治疗效果。在本研究中，研究者探讨了循环游离DNA（cfDNA）的拷贝数分析是否可用于预测接受TACE治疗的HCC患者的反应和预后。总共从64名HCC患者，57名肝硬化（LC）患者和32名健康志愿者中收集了266份血浆cfDNA样本。研究者对cfDNA样品进行了低深度全基因组测序（LD-WGS），以进行拷贝数变异（CNV）分析和肿瘤分数（TFx）定量。然后，探讨了TFx/CNVs与疗效、治疗结局和脂碘醇沉积的相关性。TACE治疗期间TFx的变化与患者的肿瘤负荷有关，可以准确和更早地预测治疗反应和预后，提供mRECIST以外的替代策略。在低深度拷贝数分析过程中，研究者利用Sentieon 软件对cfDNA 测序数据进行拷贝数分析前处理。

测序流程

图2 研究设计和患者队列

图3 TFx与患者预后的相关性。 （A）每个样本中TACE之前TFx的分布。（B）TACE前 TFx与匹配肿瘤大小之间的相关性。（C、D）Kaplan-Meier曲线分别显示通过TACE TFx前分层的入组患者的PFS（C）和OS（D）。（E）每个样本中TACE后TFx的分布。（F）TACE 后TFx后与匹配肿瘤大小之间的相关性。（G， H）Kaplan-Meier曲线分别显示TACE后 TFx分层的入组患者的PFS（G）和OS（H）。TFx，肿瘤分数;TACE，经动脉化疗栓塞;PFS，无进展生存期;OS，总体生存。

考虑到cfDNA低深度测序是一种相对便宜且无创的获取肿瘤遗传信息的方法，该技术为肿瘤负荷和TACE反应提供了可量化的测量方法，可以更好地指导患者的个性化诊断和治疗。患者随访期间的血液采样和低深度测序在临床上是可行的，可以实时监测患者的状态，有利于相应的治疗调整。

图4 Sentieon的作用

Sentieon软件团队拥有丰富的软件开发及算法优化工程经验，致力于解决生物数据分析中的速度与准确度瓶颈，为来自于分子诊断、药物研发、临床医疗、人群队列、动植物等多个领域的合作伙伴提供高效精准的软件解决方案，共同推动基因技术的发展。 截至2023年3月份，Sentieon已经在全球范围内为1300+用户提供服务，被世界一级影响因子刊物如NEJM、Cell、Nature等广泛引用，引用次数超过700篇。此外，Sentieon连续数年摘得了Precision FDA、Dream Challenges等多个权威评比的桂冠，在业内获得广泛认可。

文献讨论

图5 文献讨论

TACE作为晚期HCC的局部区域姑息性介入治疗，常结合其他疗法，但患者反应高度异质，需有效生物标志物指导治疗决策。当前评估多依赖影像诊断，存在主观性和技术局限。本研究发现，基于LD-WGS的cfDNA CNV分析为TACE预后评估和疗效监测提供了准确且经济的策略。TFx作为肿瘤负荷的生物标志物，可实时监测HCC进展，并有望成为AFP和mRECIST评估系统的替代方案。特别地，TACE前后TFx的变化能有效预测患者的无进展生存期（PFS）。

总结

综上所述，cfDNA的TFx评估和拷贝数分析可以作为评估HCC患者TACE治疗结果的稳健策略。cfDNA中的某些拷贝数扩增会影响脂碘沉积并进一步影响TACE反应，这可用于更好地优化临床决策以指导个性化TACE治疗。