Linux学习笔记-Day14

Conda

使用：conda -h --no-plugins COMMAND

创建独立的小环境

为什么？

1 conda会改变你原来设置好的环境

2 不同的软件的依赖会相互冲突

3 方便项目管理

命令：

conda activate #启动conda conda env list 或 conda info --env #列出已存在的小环境 conda create -n rna #创建名为rna的conda小环境 #-n：指定环境名称。 #创建环境时可预先指定环境的依赖版本： conda create -n python=2.7 conda activate rna #启动rna这个conda小环境 conda deactivate #退出rna这个conda小环境 conda remove -n rna -all #删除一处啊昂见的小环境及安装的包 conda rename -n R-base_4.3 R #修改已创建的小环境的名称 conda install fastqc=0.11.7 #指定安装版本 #可添加参数-y跳过确认步骤 conda list xxx #列出环境中名为xxx的软件 conda list -n rna #查看指定环境中的软件

软件：

转录组

#质量控制：fastqc, multiqc, fastp, trimmomatic, cutadapt, trim_galore

#比对&定量：hisat2, STAR, salmon, subread (featureCounts)

#无参组装：Trinity（非人类）

#安装软件包并非一定与调用的软件同名

查询是否能通过conda安装

1 网站查询：https://anaconda.org

2 conda search xxx

3 关键词检索

安装软件

conda install <SOFTWARE> #优先安装最新版本。#若与环境已有软件存在冲突，将安装次新软件。

安装软件的另一种方式——用yml文件安装

导出当前环境

conda env export <envname> > env.yml #跨平台均适用 conda list --explicit > env.txt #仅限相同平台

导入环境

conda env create --name <envname> --file env.yml ##导出和导入的两个envname并非需要相同名称 conda create --name <env> --file <this file>

环境变量

环境变量：用于储存有关shell会话和工作环境的系统变量

常见环境变量：

HOME：当前用户的主目录

PATH：shell查找命令的目录列表，由:分隔

SHELL：bash shell的全路径名

LOGNAME：当前用户的登录名

PS1：shell命令行界面的主提示符

命令：

echo

1 打印字符串

2 打印变量的值，变量调用需要在变量之前加$

~/.bashrc

系统配置文件，包含专用于你的bash shell的bash信息、设置，每次登录或打开新的shell时，该文件会被自动读取和执行。

#如果正确修改了~/.bashrc，需要source

source ~/.bashrc

$PATH

输入命令时Linux回去查找PATH里面记录的路径，如果命令存在某一个路径中，就可以成功调用

#查询命令：

echo $PATH | tr ':' '\n'

管理$PATH

方法

在家目录下创建~/bin/文件夹并将其添加至环境变量，后续手动安装的软件可将软件的可执行文件拷贝或软链接（绝对路径）至该bin文件夹

mkdir ~/bin echo 'export PATH="~/bin:$PATH" ' >> ~/.bashrc source ~/.bashrc

命令执行的三要素

1 命令的本体文件真实存在于服务器里

2 命令的本体文件有可执行权限

3 命令能被系统查找到（命令所在路径在$PATH内有记录）

文件赋予权限

chmod u/g/o+(/-)r(4)/w(2)/x(1) <filename> u：用户；g：同组；o：其他人 r：可读；w：可写；x：可执行 #可用0~7表达一个特定权限 chmod 777(ugo) <filename> #对文件赋予最大权限

引用自生信技能树