Seurat4/Seurat5共存技巧学习
原创
已存在Seurat5版本
.libPaths()
# /Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.4-arm64/Resources/library
# 创建目录安装V4
dir.create("/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.4-arm64/Resources/seurat4")
.libPaths()
# 安装V4
remotes::install_version("SeuratObject", "4.1.4")
remotes::install_version("Seurat", "4.4.0")
# 重启设定V4路径
.libPaths(c("/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.4-arm64/Resources/seurat4"))
packageVersion("SeuratObject")
packageVersion("Seurat")Resources里面是不同的目录，R包放在了library中。 因此在Resources中创建一个新的文件夹，用于存放Seruat V4.
可以在终端中也确认一下
“ /Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.4-arm64/Resources/library”是原始路径，保存着seruat5版本的包括其他R包的信息；
当创建完新的路径之后需要重新设置一下，要注意“.libPaths(c("/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.4-arm64/Resources/seurat4", .libPaths()))”这句代码，这句代码的含义是先进行前面的路径的R包调取，如果前者的R包不存在，那就会其他路径的调取R包。
但笔者一般会把后面的.libPath()去掉，只用一个路径(V4和V5完全独立，当然R包也要装双份，看每个人的习惯)。
第一次安装
先安装SeuratV5，再安装SeuratV4
# 确定路径，安装V5
.libPaths()
rm(list = ls())
install.packages('Seurat')
library(Seurat)
packageVersion("Seurat")
packageVersion("SeuratObject")
# 流程同上
# 安装V4
.libPaths()
# 创建文件夹，放V4
dir.create("/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.4-arm64/Resources/seurat4")
.libPaths()
# 安装V4
remotes::install_version("SeuratObject", "4.1.4")
remotes::install_version("Seurat", "4.4.0")
# 重启确认
packageVersion("SeuratObject")
packageVersion("Seurat")
# 设定路径，重启加载Seurat，就会是4版
.libPaths(c("/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.4-arm64/Resources/seurat4", .libPaths()))
packageVersion("SeuratObject")
packageVersion("Seurat")参考资料：
1、生信菜鸟团：https://mp.weixin.qq.com/s/OMVZAMIyrJIEJfF63iKySw
2、生信乐园： https://mp.weixin.qq.com/s/U8xzsd3io4yhBsW8Gzcblg
3、生信小树苗：https://mp.weixin.qq.com/s/jIxG-kXRONAgs0Yt1YSqUQ
注：若对内容有疑惑或者有发现明确错误的朋友，请联系后台(欢迎交流)。更多内容可关注公众号：生信方舟
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原创声明：本文系作者授权腾讯云开发者社区发表，未经许可，不得转载。
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