前往小程序,Get更优阅读体验!
立即前往
首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
社区首页 >专栏 >空间细胞聚类与Cellular ecosystems

空间细胞聚类与Cellular ecosystems

原创
作者头像
追风少年i
发布2024-09-21 11:40:25
1050
发布2024-09-21 11:40:25

作者,Evil Genius

礼拜天我们分享一个简单的内容,空间细胞聚类与细胞微环境

为了表征细胞的区域细胞富集模式,首先进行聚类(注意是空间细胞聚类,需要先联合分析),识别空间域,这个时候每个群就是cellular ecosystems (Cell-Eco). These Cell-Eco are characterized by disinct cellular composiions and abundances across the issue samples

随后,空间域细胞富集

分析方法,基于细胞类型比例的斑点聚类

首先,构建一个细胞类型比例的矩阵。低于 10% 的细胞类型比例被过滤掉,并认为不具有生物学意义。过滤后,对spot进行缩放,以确保细胞比例的累积和为 100%。使用Python 实现的基于图形的聚类方法 Leiden 算法,在 R中基于相似的细胞组成识别spot cluster。将聚类精度设置为 0.2的分辨率,因为不同的分辨率不会改善聚类的生物学解释。根据leiden聚类结果,将spot标记为细胞生态系统(Cell-Eco)。细胞类型意味着高于10%的细胞类型被认为对Cell-Eco身份具有生物学意义。根据先前描述的每个Cell-Eco的细胞类型均值对spot进行过滤和重新缩放。

示例代码GitHub - ati-lz/ISCHIA: Framework for analysis of cell-types and Ligand-Receptor cooccurrences

生活很好,有你更好

原创声明:本文系作者授权腾讯云开发者社区发表,未经许可,不得转载。

如有侵权,请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。

原创声明:本文系作者授权腾讯云开发者社区发表,未经许可,不得转载。

如有侵权,请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。

评论
登录后参与评论
0 条评论
热度
最新
推荐阅读
目录
  • 作者,Evil Genius
  • 礼拜天我们分享一个简单的内容,空间细胞聚类与细胞微环境
  • 为了表征细胞的区域细胞富集模式,首先进行聚类(注意是空间细胞聚类,需要先联合分析),识别空间域,这个时候每个群就是cellular ecosystems (Cell-Eco). These Cell-Eco are characterized by disinct cellular composiions and abundances across the issue samples
  • 随后,空间域细胞富集
  • 分析方法,基于细胞类型比例的斑点聚类
  • 示例代码GitHub - ati-lz/ISCHIA: Framework for analysis of cell-types and Ligand-Receptor cooccurrences
  • 生活很好,有你更好
领券
问题归档专栏文章快讯文章归档关键词归档开发者手册归档开发者手册 Section 归档