biotrainee note 7

#打破下载时间的限制,改前60秒，改后10w秒
options(timeout = 100000) 
options(scipen = 20)#不要以科学计数法表示

#传统下载方式
library(GEOquery)
eSet = getGEO("GSE7305", destdir = '.', getGPL = F)
#网速太慢，下不下来怎么办
#1.从网页上下载/发链接让别人帮忙下，放在工作目录里
#2.试试geoChina,只能下载2019年前的表达芯片数据
#library(AnnoProbe)
#eSet = geoChina("GSE7305") #选择性代替第7行
#研究一下这个eSet
class(eSet)  #是一个列表 
length(eSet) #列表里只有1个元素

eSet = eSet[[1]]  #提取这个唯一的元素
class(eSet) #显示这个数据的类型是一个“对象”

#(1)提取表达矩阵exp
exp <- exprs(eSet)
#⭐第一个要检查的地方👇，表达矩阵行列数，正常是几万行，列数=样本数，
#如果0行说明不是表达芯片或者是遇到特殊情况，不能用此流程分析
dim(exp)
#⭐二个要检查的地方👇
range(exp)#看数据范围决定是否需要log，是否有负值，异常值，如有负值，结合箱线图进一步判断
#⭐可能要修改的地方👇
exp = log2(exp+1) #需要log才log，不需要log要注释掉这一句
#⭐第三个要检查的地方👇
boxplot(exp,las = 2) #看是否有异常样本
#遇到异常样本，可以直接删掉异常样本，也可以用函数
#exp = limma::normalizeBetweenArrays(exp) 来将样本做一个归一化处理，即将少量的异常样本拉到正常水平