人工智能大模型的好处之修改文件名字

生信技能树

发布于 2024-11-21 09:06:06

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学徒下载了一个单细胞转录组数据集的 GSE191260_RAW.tar文件，然后解压后发现里面的4个样品是12个文件，如下所示：

  4.8K 12 20  2021 GSM5742457_barcodes_0.tsv.gz
  213K 12 20  2021 GSM5742457_genes_0.tsv.gz
  3.7M 12 20  2021 GSM5742457_matrix_0.mtx.gz
  
  6.0K 12 20  2021 GSM5742458_barcodes_14.tsv.gz
  213K 12 20  2021 GSM5742458_genes_14.tsv.gz
  5.9M 12 20  2021 GSM5742458_matrix_14.mtx.gz
  
  9.2K 12 20  2021 GSM5742459_barcodes_21.tsv.gz
  213K 12 20  2021 GSM5742459_genes_21.tsv.gz
  9.5M 12 20  2021 GSM5742459_matrix_21.mtx.gz
  
  7.8K 12 20  2021 GSM5742460_barcodes_28.tsv.gz
  213K 12 20  2021 GSM5742460_genes_28.tsv.gz
  9.2M 12 20  2021 GSM5742460_matrix_28.mtx.gz

这些文件名字，不方便使用r编程语言里面的Seurat包批量读取，是需要按照规则改名的，如下所示的目标文件夹架构

就向人工智能大模型提问：

我有一些文件名字，GSM5742457_barcodes_0.tsv.gz GSM5742459_genes_21.tsv.gz
GSM5742457_genes_0.tsv.gz GSM5742459_matrix_21.mtx.gz
GSM5742457_matrix_0.mtx.gz GSM5742460_barcodes_28.tsv.gz
GSM5742458_barcodes_14.tsv.gz GSM5742460_genes_28.tsv.gz
GSM5742458_genes_14.tsv.gz GSM5742460_matrix_28.mtx.gz
GSM5742458_matrix_14.mtx.gz 
GSM5742459_barcodes_21.tsv.gz ，需要修改它们成为4个独立的文件夹，每个文件夹里面的都是 barcodes.tsv.gz genes.tsv.gz matrix.mtx.gz 的3个文件

大模型可以给出来一个像模像样的解决方案；

要创建四个独立的文件夹，并将您提供的文件分别归类到相应的文件夹中，您可以按照以下步骤操作：

创建文件夹：首先，创建四个新的文件夹，您可以根据文件名的模式来命名这些文件夹。例如，使用数字来命名，如folder_0, folder_21, folder_14, folder_28。
使用shell命令移动文件：打开Linux shell，然后使用mv命令将文件移动到相应的文件夹中。您可以使用循环和条件语句来自动化这个过程。

以下是在shell中执行此操作的示例脚本：

# 创建文件夹
mkdir folder_0 folder_21 folder_14 folder_28

# 移动文件
mv GSM5742457_barcodes_0.tsv.gz folder_0
mv GSM5742457_genes_0.tsv.gz folder_0
mv GSM5742457_matrix_0.mtx.gz folder_0

mv GSM5742459_barcodes_21.tsv.gz folder_21
mv GSM5742459_genes_21.tsv.gz folder_21
mv GSM5742459_matrix_21.mtx.gz folder_21

mv GSM5742458_barcodes_14.tsv.gz folder_14
mv GSM5742458_genes_14.tsv.gz folder_14
mv GSM5742458_matrix_14.mtx.gz folder_14

mv GSM5742460_barcodes_28.tsv.gz folder_28
mv GSM5742460_genes_28.tsv.gz folder_28
mv GSM5742460_matrix_28.mtx.gz folder_28

需要强调我的需求让大模型返工

我继续提问：

每个文件夹里面的文件名字是固定的 barcodes.tsv.gz genes.tsv.gz matrix.mtx.gz 的3个文件，然后文件夹的名字是需要来源于原始文件的gsm的id

但是我没想到这个时候大模型给我了一个超级复杂的代码：

如果需要根据原始文件名中的GSM ID来创建文件夹，并将相应的 barcodes.tsv.gz、genes.tsv.gz 和 matrix.mtx.gz 文件移动到对应的文件夹中，您可以使用以下步骤：

创建一个提取GSM ID和文件类型的函数：首先，定义一个函数来从文件名中提取GSM ID和文件类型。
创建文件夹：根据提取的GSM ID创建文件夹。
移动文件：将相应的文件移动到对应的文件夹中。

以下是在shell中执行此操作的示例脚本：

#!/bin/bash

# 定义一个函数来提取GSM ID和文件类型
extract_gsm_id_and_type() {
  local filename=$1
  local gsm_id=$(echo "$filename" | grep -o 'GSM[0-9]\+')  # 提取GSM ID
  local file_type=$(echo "$filename" | grep -o 'genes|barcodes|matrix')  # 提取文件类型
  echo "$gsm_id $file_type"
}  
# 循环处理每个文件
for file in GSM*gz; do
  # 提取GSM ID和文件类型
  gsmid_and_type=$(extract_gsm_id_and_type "$file")
  set -- $gsmid_and_type  # 将提取结果分解为变量
  gsmid=$1
  type=$2

  # 创建以GSM ID命名的文件夹，如果不存在的话
  if [ ! -d "$gsmid" ]; then
    mkdir "$gsmid"
  fi

  # 根据文件类型重命名文件并移动到对应的文件夹
  new_filename="${type}.tsv.gz"  # 固定文件名
  echo mv "$file" "$gsmid/$new_filename"
done

# 检查文件夹内容
for gsm_dir in *; do
  if [ -d "$gsm_dir" ]; then
    echo "Contents of $gsm_dir:"
    ls "$gsm_dir"
  fi
done

请注意，这个脚本假设所有的文件都在脚本执行的当前目录下，并且每个GSM ID都有 barcodes.tsv.gz、genes.tsv.gz 和 matrix.mtx.gz 这三种类型的文件。如果某些GSM ID缺少某个类型的文件，您可能需要额外的逻辑来处理这种情况。

此外，脚本中的 extract_gsm_id_and_type 函数使用了 grep 命令来提取GSM ID和文件类型。这个函数可能需要根据您的具体文件名格式进行调整。

其实大模型到现在为止仍然是错误的

首先它没有考虑到其实有 tsv.gz和mtx.gz这两个不同的后缀，其次上面的将提取结果分解为变量语法也是有问题的。

有这个时间去跟大模型battle，还不如自己写代码算了。

大模型第二次给答案

要将这些文件名重新组织成四个独立的文件夹，每个文件夹包含barcodes.tsv.gz、genes.tsv.gz和matrix.mtx.gz三个文件，你可以按照以下步骤操作：

识别每个样本的前缀，例如GSM5742457、GSM5742459、GSM5742458和GSM5742460。
根据前缀将文件名分组，确保每个样本的三个文件都在同一组。
为每个样本创建一个文件夹，并以样本的前缀命名。
将每个样本的三个文件移动到对应的文件夹中。

根据你提供的文件名，我们可以这样分组：

GSM5742457: 包含barcodes、genes和matrix文件。
GSM5742459: 包含barcodes、genes和matrix文件。
GSM5742458: 包含barcodes、genes和matrix文件。
GSM5742460: 包含barcodes、genes和matrix文件。

接下来，创建四个文件夹，并按照以下结构放置文件：

GSM5742457/
│   barcodes.tsv.gz
│   genes.tsv.gz
│   matrix.mtx.gz

GSM5742459/
│   barcodes.tsv.gz
│   genes.tsv.gz
│   matrix.mtx.gz

GSM5742458/
│   barcodes.tsv.gz
│   genes.tsv.gz
│   matrix.mtx.gz

GSM5742460/
│   barcodes.tsv.gz
│   genes.tsv.gz
│   matrix.mtx.gz

具体操作步骤可能取决于你使用的操作系统。在Linux或Mac OS中，你可以使用命令行来创建文件夹并移动文件。例如：

mkdir GSM5742457 GSM5742459 GSM5742458 GSM5742460
mv GSM5742457_* GSM5742457/
mv GSM5742459_* GSM5742459/
mv GSM5742458_* GSM5742458/
mv GSM5742460_* GSM5742460/

在Windows中，你可以使用文件资源管理器手动创建文件夹并拖放文件，或者使用PowerShell执行类似的命令。

请注意，这些步骤假设你已经拥有这些文件，并且它们都位于同一目录下。如果你需要进一步的帮助来执行这些操作，或者有其他相关问题，请随时告诉我。

当然可以。下面是一个基于bash的shell脚本示例，用于重命名和组织你的文件。这个脚本假设所有原始文件都位于同一个目录中，并且你已经准备好了目标文件夹。

#!/bin/bash

# 原始文件所在的目录
ORIGINAL_DIR="./"

# 目标文件夹所在的目录
TARGET_DIR="./"

# 确保目标目录存在
mkdir -p "${TARGET_DIR}"

# 样本列表
SAMPLES=("GSM5742457" "GSM5742458" "GSM5742459" "GSM5742460")

# 遍历每个样本
for SAMPLE in "${SAMPLES[@]}"; do
    # 创建样本文件夹
    mkdir -p "${TARGET_DIR}/${SAMPLE}"
    
    # 移动并重命名barcodes文件
    mv "${ORIGINAL_DIR}/${SAMPLE}_barcodes_"*".tsv.gz" "${TARGET_DIR}/${SAMPLE}/barcodes.tsv.gz"
    
    # 移动并重命名genes文件
    mv "${ORIGINAL_DIR}/${SAMPLE}_genes_"*".tsv.gz" "${TARGET_DIR}/${SAMPLE}/features.tsv.gz"
    
    # 移动并重命名matrix文件
    mv "${ORIGINAL_DIR}/${SAMPLE}_matrix_"*".mtx.gz" "${TARGET_DIR}/${SAMPLE}/matrix.mtx.gz"
done

echo "文件重命名和移动完成。"

在运行这个脚本之前，请确保：