2024年08月_生信入门班_微信群答疑笔记

生信技能树

发布于 2024-11-21 02:17:04

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代码可运行

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上一期的答疑互动也是彩蛋多多，现在整理完毕马不停蹄的分享给大家。接下来的11月份的最新一期的直播互动授课，有需要的朋友赶快上车哈：

生物信息学马拉松授课（买一得五），你的生物信息学入门课

下面是优秀实习生的整理和分享

【软件安装】安装好R和Rstudio后，打开studio出现这个画面，无法进行选择，就是点不动。我电脑之前安装过R，版本没有这个高，就把之前卸载又安装了老师提供的。就出现这个问题了。已经试过关机重启

软件安装就这个r和rstudio是有先后顺序哦，先安装一下R语言，在网盘里有的，要安装在C盘。

【R包安装】我们把R安装在c盘，那安装的R包也都在c盘了吗？这样担心电脑内存不够

暂时无需担心哈，r包理论上可以换任何地方，第四天就学到这个知识。而且可以安装任意版本的指定的r包，如下所示

.libPaths()
dir.create('~/R_personal_package')
#.libPaths(c('~/R_personal_package', .libPaths()))
.libPaths()

d='~/R_personal_package/Matrix_1.6-1'
dir.create(d)
install.packages(
  pkgs='https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/Matrix/Matrix_1.6-1.tar.gz',
  repos = NULL, 
  lib=d,
  type='source'
)

【R提示】请问这个要怎么处理呢

KEGG.db 已经淘汰了，改为了KEGGRESK，你这个截图的第二句代码，提示信息说这个包已经安装好了，不用重复安装

【R报错】这个怎么解决呢？

你的matrix包版本比较低，需要卸载重装。卸载 xxx 包 remove.packages("xxx")

【R包安装】我在视频课程里看到你们安装完，在program files的library里有三百多个项目，我反复操作过多次，都没有三百

中间有发现安装路径没统一，我卸载了原来的R和Rstudio，以及之前的安装包，重新下载安装到默认的C盘，然后设置了管理员身份运行，把路径设置成了program files的library，最后显示 260 个项目。运行您上面给出的代码是没有报错的，我想知道这个情况有正常嘛

正常的呢，加载不报错即可。安装R包很多人会疑惑为什么数量会有差异，就是R包安装路径，现在一般是有两个，一个是默认路径，"C:/Program Files/R/R-4.4.0/library"，有30个R包左右，是R语言自带的基础R包。另一个路径一般是 "C:/Users/xxxx/AppData/Local/R/win-library/4.4" 是用户自行安装的R包

【R提示】好像所有的都没有报错，那那个黄色的条条就不管了？

嗯嗯，不用管。

【软件安装】最好是把R包更新到4.4是吗

都可以的，更新R4.4，如果遇到bug，我们也会尽可能协助解决

【软件安装】我之前装的R和Rstudio都是4.3版本，然后今天把他们卸载了，重新装了R4.4和Rstudio，但是打开Rstudio还是４.３的版本是怎么回事呢

可以在Rstudio顶部，找到tools--global option，修改R语言版本。

【截屏软件】小洁老师用是截屏软件是什么呀

截图软件：snipaste，使用教程：https://mp.weixin.qq.com/s/YAGc-lfd5zNqChCYwz5gWA

【R配置】根据这篇推文的内容，我想设置成英文，重装比修改配置好是吗？

推文：为什么你的R语言不能默认显示英文呢（https://mp.weixin.qq.com/s/FGbaQgl5mW89IJrZnoRW_g）

不用重装。还可以写入到配置文件里，你在 Rstudio 里运行 file.edit("~/.Renviron") ，在打开的窗口里写入 Sys.setenv(LANGUAGE = "en") 然后保存后，关闭窗口即可

【R入门】怎么能按照单词拆分

你的向量x，这样赋值本来就是一个单词一个元素，也就是说，你已经人工手动拆分好了。。。。你直接运行x回车就看到了

【R入门】这里面test数据在哪里

load 我们授课给的案例Rdata文件加载的

【R入门】如果一直+号怎么退出或者终止

ESC

【R报错】请问这个怎么解决呢？

这可能要换个网络环境，不是换个镜像。如果你现在用的单位的网络，换一下其他的，比如家庭网络，手机热点等

【R实战】按照老师教的，我自己下载我自己的array的数据，是个多组数据了，取了log2发现在0-4之间，如果不取连图都没有，怎么办？这种算不算zscore的呢？

这个既不属于没取LOG2的数据，也不属于取了LOG2的数据，也不属于ZSCORE数据，它就是一个异常的不正常的不知道咋回事儿的数据，建议你换一个，或者是熟练了之后再去搞这个数据的原始数据去处理它。

【R报错】老师请问下，这些命令全都报错了如何解决呀？Mac电脑

#https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/GEOquery.html
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
  install.packages("BiocManager") 
BiocManager::install(c("GSEABase","GSVA","clusterProfiler" ),ask = F,update = F)
BiocManager::install(c("GEOquery","limma","impute" ),ask = F,update = F)
BiocManager::install(c("org.Hs.eg.db","hgu133plus2.db" ),ask = F,update = F)

用下面的代码设置西湖镜像，然后再运行你的代码即可。

options(BioC_mirror="https://mirrors.westlake.edu.cn/bioconductor")
options("repos"=c(CRAN="https://mirrors.westlake.edu.cn/CRAN/"))

【Termius】这个是什么原因啊？之前登录正常的

那就是网络问题，换个网络环境。可能医院WiFi屏蔽了

【Linux配置】老师发的修改颜色的两行代码有同学记下来吗

echo  'export PS1="\[\033]2;\h:\u \w\007\033[33;1m\]\u \033[35;1m\t\033[0m \[\033[36;1m\]\w\[\033[0m\]\n\[\e[32;1m\]$ \[\e[0m\]"' >> ~/.bashrc
source  ~/.bashrc

【课程准备】想跟课，但找不到文件

想请教一下老师，这两天在学Linux时，因为不能及时完整跟直播，我就课后看回放，每次登录上termius，想跟着老师操作或者完成练习的时候，连文件都找不到。我也没看到老师每次上课前会打开文件，但是我每次因为这个打不开文件无法跟着练习，去老师发的文件里找了，也上传了，还是有这个问题。

第一天的课程，老师让大家上传 Data.tar.gz压缩包，之外还有一步解压。经查看，我发现你少了这一步。

【Linux入门】为什么我无法使用mkdir -p创建这样的文件呢

你的当前目录下，有一个普通文本文件叫file1 ，因此你不能再新建一个【文件夹】file1，重名了。

【Linux软件安装】Linux里运行bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh命令后出现报错

你之前安装过，但是可能安装到一半，你可以尝试删除miniconda3 文件夹，再重新安装

【R提示】这个是否提示我需要下载4.3.3版本的才行？

![image-20240827114807168](/Users/wangzhe/Library/Application Support/typora-user-images/image-20240827114807168.png)

warning不是error，不用管。和版本没有关系。但你下面有一个Error，缺失 GSEABase 包，那就单独安装一下这个包，方法是BiocManager::install('GSEABase')

【R提示】它没有在报错，是不是就说明成功？

棒

【课程相关】服务器账号可以使用多久？

我们在上课这个月用的是生信技能树的服务器账号进行Linux的练习以及学习。但是在这个月过去之后，这个账号失效了像我这样没有服务器账号的同学还想继续自己时常学习，就没有途径了。请问老师有没有那种可以申请公共的服务器账号让我这样没有自己的服务器的同学还能进行学习呀

上课的练习账号一般有效期是2个月，不过到期后我们还不一定会清理账号，你还可以继续用，不要用来处理真实项目或者保存重要数据即可，因为我们可能随时会清空【2】如果需要，可以看看生信技能树的共享服务器，在公众号推文有。

【Linux入门】这个是分配的磁盘空间不足了吗

我的账号下只有新叶老师推荐的原始的测序文件

确实是磁盘空间不足了。用小fq练习就好，实战的时候软链接即可，软链接不占用你的磁盘空间的。

【分析实战】这种数据可以用于测序分析吗？可以理解为取对数的express_cpm值吗

这个不是CPM，这个是另外一个流程RSEM的方法产生的count，我们平常说的那种整数式的，它是featurecount得出来的。所以他们两个其实都是可以使用的Count，这个东西的话，你就是给它逆转log，然后取一下整就用就是。

【Termius】terminus不让用了

termius 是ssh登陆服务器的软件，有免费版和付费版，我们一般用免费版就行了

【软件安装】安装conda的时候报错

仔细阅读报错文件，它说你之前安装过一次，如果你不确定你之前是否安装成功，想要重新安装，就先删掉提示的文件夹 miniconda3 ，怕误删也可以用 mv 重命名

【环境配置】装R4.yaml的时候报错老师帮忙看看什么意思

这里环境里R包版本不兼容，冲突了，试试把缺失的R包一个个安装，如果不行，就先弃用它。

【R入门】这个错误是什么原因呀？尝试过问chatGPT也没结果，只是给我了一个修正代码，但是我对照看，跟我原来版本一样

不符合ggplot的绘图逻辑哦

【分析实战】想问下用aspera下载ENA数据库的数据应该用哪个密钥是openssh 还是openssh.pub

openssh。不过，我们一般来说，推荐使用conda来安装aspera哦：

cat fq.txt |while read id
do
ascp -QT -l 300m -P33001 -k 1  \
-i ~/miniconda3/envs/download/etc/asperaweb_id_dsa.openssh   \
era-fasp@$id  .
done
# mamba activate download 
# nohup bash step1-aspera.sh 1>step1-aspera.log 2>&1 &
# which ascp 
## 一定要搞清楚你的软件被conda安装在哪，以及它配套的asperaweb_id_dsa.openssh 文件的路径