2024年09月_生信入门班_微信群答疑笔记

上一期的答疑互动也是彩蛋多多，现在整理完毕马不停蹄的分享给大家。接下来的11月份的最新一期的直播互动授课，有需要的朋友赶快上车哈：

• 生物信息学马拉松授课（买一得五） ，你的生物信息学入门课

下面是优秀实习生的整理和分享

【R报错/R包安装】请问这些为什么会报错呢

这些包你都没装，光标定位到第一行，重新从第一行开始，每run一行观察左下角窗口的输出信息，没有关键词 error 且返回一个大于号 > 再run下一行。如果遇到error，先尝试从群公告答疑文档里找找是否有类似问题及其解决方法，如果没有，再截图并适当描述哈。

【软件安装】电脑c盘内存不够，R安装到D盘影响大吗？（刚刚安到D盘了，需要的R包也能安装加载上）

如果你的Rstudio可以正常打开，可以先用，后续可能会有其他问题，到时候遇到了再解决。

【R包安装】安装"ggplot2", "pheatmap", "ggpubr"R包的时候点击是的之后无限弹窗应该怎么操作？

先试试重启一下RStudio，再重新从第一行开始运行。

【软件安装】请问之前有装有R4.2.3，但我看咱必装的版本是R 4.4.0，需要卸载重装吗？

建议卸载重装，否则部分R包可能安装比较困难。

【R包安装】请问一下这是什么问题

提示信息说这些R包你已经安装好了，不必重复安装。library 之后，提示信息里没关键词 error 就是成功了。

【R报错/R包安装】运行biomanager出现这个

看群公告答疑文档q15和16，有解决方法

【R包安装】R包安装到这一步，就可以了吧

嗯呢，很棒。

【软件安装】老师这个git的安装就安装他默认的来就好了是吗？因为我看B站上面的视频他直接就安装上去了，没有见到有多余的操作

安装都采用默认选项就好，不要改。一直下一步或者选yes就行

【软件安装】后面这几个软件都是装在C盘的吗？还是说也可以装D盘

R和Rstudio安装在C盘，其他软件没有要求。

【服务器登录】xshell的账号是需要自己弄吗？还是会提供？

xshell 是一个登陆服务器的软件，如果打开这个软件显示要注册账号，可以自行注册一个。而登陆服务器则需要服务器账号，这个由我们后续提供。两者是两回事，做好区分哈。我们上课推荐使用的登陆服务器软件是 termuis。

【R报错】R包运行出现这个

> library(pheatmap)
错误于library(pheatmap): 不存在叫‘pheatmap’这个名称的程序包

看群公告答疑文档，先自己尝试解决看看。 遇到报错先看【答疑文档】：https://docs.qq.com/doc/DT2VMdmN2Y0F5SHlr

【R报错/R包安装】请问下这些报错是否是没有装好，还是说是正常的？

提示有Error关键词的说明还没安装好。

【服务器登录】这个课程里面使用的是xshell，命令语法和termius一样吗？看了对termius学习有帮助吗？

登陆服务器后，一般操作都是在服务器进行，与你使用的是xshell 或者 termuis关系不大。

【R报错/R包安装】请问下这个怎么解决，安装了很多遍还是这样

报错提示缺xxx包，就单独安装一下它，比如 install.packages('png')

【R报错/R包安装】我想请问下安装R包后出现这个界面，是报错吗？需要怎么处理呢？

试试安装preprocessCore BiocManager::install("preprocessCore")

【R包安装】请问这个怎么处理呀

不需要处理。

【R报错/R包安装】安装R包报错

这个位置需要先回答一个 yes，但是你代码运行太快了，重新回到上一句代码，运行后回答个yes。

【软件安装】iGV和git也必须装在C盘吗

这两个不做要求。

【R报错/R包安装】老师我运行课程前的安装包代码 出现如下报错

先看群公告答疑文档，解决这个报错，文档里有方法

【R入门】这个第一节课里面这个 R-01文件，我打开一直是这样，不知道哪里出了问题

你点取消，要从R-01 里面的 Rproj 文件双击打开。

【R入门】第一节课在打开.Rproj的时候，遇到点问题

Rstudio放在了C盘，但.Rpro是在j盘。

经排查：Rstudio和working direction都放在桌面上以后，可以双击打开.Rproj

【R入门】像“exp”这样的在环境面板里有的数据，如果我们要用的话其实不需要再额外读取了哈

你的exp之所以在环境里那是因为已经读取进来并整理过了，不是凭空在那里的。

【R入门】这样代表我安装成功了吗？

library ()试一下就行，library后没有关键词error就OK啦。

【R包安装】像这种情况，需要处理吗？

不用。

【R报错/R包安装】安装R包的时候 那个warning是什么意思呢 说我没有安装Rtools

library时说版本是4.4.1来建造的，这时候需要更新软件吗

群公告网盘里有安装包，Rtools是一个软件，安装后，再安装R包可以避免一些报错。

【软件安装】library时，提示版本问题，我这个时候必须要把软件升级吗

如果没有报错信息可以继续使用，忽略警告。

【R报错/R包安装】这个test load不出来

你的工作目录不对，要从文件夹里的Rproj，双击一下，打开RStudio。

【R报错/R包安装】请问“preprocesscore”安装不上是因为镜像的原因吗？我重新安装了几次也还是不行

西湖大学的镜像崩了，切换成清华或者北外镜像。

运行这两句代码设置一下北外镜像

options("repos"= c(CRAN="https://mirrors.bfsu.edu.cn/CRAN/"))
options(BioC_mirror="http://mirrors.bfsu.edu.cn/bioconductor/")

再重新安装一下试试

【R实战】这句函数是直接从网站上导出来吗？

library(GEOquery)
eSet = getGEO("GSE230665", destdir = '.', getGPL = F)

如果你的工作目录下有这个文件，他就会直接读取；如果没有，就会下载并读取。

【R报错/R包安装】R包安装报错

两个可能原因

dll报错，可能是你开了杀毒软件。

镜像问题，最近西湖大学镜像不太行。运行这两句代码设置一下北外镜像

options("repos"= c(CRAN="https://mirrors.bfsu.edu.cn/CRAN/"))
options(BioC_mirror="http://mirrors.bfsu.edu.cn/bioconductor/")

再重新安装一下试试

【R实战】我用小洁老师的pipeline中的代码下载GSE141907，运行到02_group_ids.R步骤后报错

由于物种是Mus musculus，于是物种的参照包用EnsDb.Mmusculus.v79，安装后，library显示正常，可是运行到“ids <- toTable(EnsDb.Mmusculus.v79SYMBOL)”时报错，如何解决？

并不是一个物种一个包，是一个平台一个包，而你这个并没有找到包，所以需要用其他的方法，你现在做的一切尝试都是因为还没有讲，所以等我们讲完了再搞定他就行。

【R实战】没有找到select这个函数该怎么解决？

找不到一个函数，不是因为没有加载相应的包吗？所以你去查一下来出自谁的包，出自哪个包，去加载一下不就好了。

【R实战】请问读取GSE13355的数据后，结果是否正常？

查看表达量箱线图，A图为运行boxplot(exp[,1:4])后的结果，B图为运行boxplot(exp,las = 2)后的结果，这样的结果正常吗？我觉得是正常的，想和各位确认一下是否真的正常

挺正常的。

【软件安装】mac下载的termius怎么和老师视频上的界面不一样啊？我找不到小齿轮

就这样的，你这是新版本，参考下图

【服务器登录】我这里显示termius试用14天？

日常使用基础版本就可以，这个是Pro版本

【R实战】上次在热图旁加基因名称的ComplexHeatmap函数还是不会写。

可以分享一下吗

library(ComplexHeatmap)
rownames(n)
ha <- rowAnnotation(foo = anno_mark(at=c(1:20), labels=rownames(n)[1:20]), gap=unit(0.25, "cm"))
pdf("x.pdf")
Heatmap(n, name="mat", right_annotation=ha,
     row_names_side="left", 
     row_names_gp=gpar(fontsize=4),
     show_row_names = FALSE, show_column_names = FALSE)
dev.off()

【服务器登录】我用给的账号密码无法登录服务器

试试换个网络环境，比如手机热点。

【软件安装】这个md后缀的文件双击是默认r打开的？

修改一下默认打开方式就好，或者先打开md软件，再从软件里打开或者把文件拖到软件界面。

【服务器登录】请问一下我现在每次登录时，账号不会自动补齐，是什么原因呀

命令行ssh登陆本来就是无法补齐的，如果你之前登陆过，你可以在登陆之前按方向键上键，可能可以找到之前登陆命令。

【环境配置】请问这个R4 环境的创建是先 deactivate rna环境后再创建一个吗？

是的。

【环境配置】请问我把这个包下载后上传到服务器了，下面的安装命令是否正确？

命令可能没错。报错提示依赖包缺失，你需要安装一下。

【镜像】我安装最后显示4个频道，第一个和第二个一样吧，我用命令把它拿掉，发现最后结果还是一样，这样影响吗

命令是

sed -i '/https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda// d' ~/.condarc

方法不对，用 sed -i ' 3 d' ~/.condarc，即删掉 .condarc 的第三行。

【Linux入门】为什么我在家目录下， 按tree能出来这么多

miniconda3内部是比较复杂的。你看到的那么多内容是这个文件夹里来的。tree这个命令本身就是比较事无巨细全都会列出来的，所以记得用-L 1之类的参数限制一下，例如 tree -L 1。

【Linux入门】我这个数值和上课讲的不一样

这个是任务的pid，不需要一样。

【Linux实战】划红线这里指定输入文件路径，实际进行多样本过滤的时候，这里应该怎么改呢？

trim_galore -q 20 --length 20 --max_n 3 --stringency 3 --fastqc --paired -o ./ ../../rawdata/SRR1039510_1.fastq.gz ../../rawdata/SRR1039510_2.fastq.gz

这个是单个样本的吧，如果多个样本呢

这些在前面都有赋值文件路径，你实际运行的时候，把自己文件所在的路径对应赋值就行。

【Linux实战】我在进行hisat2构建索引时，一直报错，是不是单纯是储存空间不足？该怎么办？

大概率是空间不够哈，学会构建索引这个操作就行，服务器有构建好的，不用重复运行。

【服务器登录】大家的Termius还能用吗

点最下面免费版。

【Linux入门】我练习的时候没注意解压命令会导致压缩文件会被替换，可不可以发一下read.1.fq.gz文件给我

你可以重新压缩回去，gzip命令。

【服务器登录】为啥登不上服务器了呢

换个网络环境试试，还有就是电脑不要开代理。

【网络分析】有文章复现里ppi网络的代码吗

这个是网页操作，ppi的string网页，然后cytoscape软件，界面软件不需要代码。

【镜像】想请问下mac系统，R studio修改packages为中科大镜像时，Error_Permission denied有办法解决吗？问了kimi和gpt没能解决，还是暂时没什么影响不用管就可以了？

暂时先用代码修改。

options("repos"="https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/")
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")

【网络分析】这个top10的hub gene是根据logFC的大小来取的吗

你想要验证你自己的问题，其实很简单，你直接去差异分析的结果表格里面去查 查这几个基因，它的logFC是不是最大的就可以了。

【R实战】这种数据是不是被标准化的数据呀？

是的。

【R绘图】绘图这一步经常会遇到：因plot窗口太小无法显示图片

1. 点“Zoom”，依然不显示图片
2. 根据Kimi提示，用ggsave()限制图片大小后保存，可以解决，但麻烦
3. 怎么设置Rstudio，可以直接在Plots下显示？

学员经Kimi提问使用dev.new（）解决。

【R实战/绘图】用ggplot2美化气泡图的时候，x轴的基因没有根据feature.groups2的分组情况进行重新排列，导致上面的分组栏显示为NA，这个要怎么解决？

你的group分组信息就没提取到，所以重新排序对应不上，会是NA。

【R入门】我在读取数据时遇到这个报错，请问应该怎么解决呀

我的电脑内存是8GB

数据比较大，电脑内存有限，试试把一些不需要用到的程序先关掉，再重新读取。通常来说，8GB内存对于生信分析不太够用。

【R实战】我用getGEO下载GSE121211，平台文件下载失败了，但是在GEO官网下载soft文件又很慢，有什么办法吗

试试换个网络环境

【R实战】我一运行这一步的时候就卡住不动了， 是怎么回事啊

因为还没运行完，这步本来就慢。

【R实战】这个注释文件是怎么回事呢，要进行什么样的处理呢

从网页下载下来的可以，从r语言复制的网址下载的读取不了

下载不完整是网络问题哦，不关函数的事，或者是适配的参数不同。

【单细胞实战】单细胞单个样品分析中，可以用JackStraw和ElbowPlot拐点来看分群多少个合适。

关于单细胞多样本分群数量，有明确的标准指示分群数量应该取多少吗？

没有，主要看marker的注释情况，一般大类注释分的亚群数 少一些。

【R入门/报错】这个报错不知道是为什么

我没有做任何修改。但是，下面的程序又能正常进行，这个错误似乎没关系？

那应该是没有下载文件哦，没有文件所以报错啦。按照编号去网站上下载数据，解包放在工作目录下。右上角empty，文件太大没有放进文件夹，叫你自己下载。

【R实战】这一类的XM NM XR开头的转录本，名称怎么转换呢？

首先要先去了解id类型，然后就知道如何转换了~这个应该是refseq的id，试试看。