PHASTEST：噬菌体注释工具使用指南

大家好，今天我们来分享一个强大的生物信息学工具——PHASTEST，用于噬菌体注释的在线工具，它可以帮助我们快速识别和分析噬菌体基因。下面，就让我们一起探索PHASTEST的使用方法吧！

📌 输入数据

PHASTEST支持三种输入格式：GenBank注释、原始核苷酸序列和FASTA格式的核苷酸序列。预注释的Genbank格式最快，但正像软件的名字，无论输入格式如何，它都会相对较快地运行。

GenBank：可以直接上传GenBank格式的文件，或者在“Enter GenBank Accession”标签页输入GenBank访问号，PHASTEST会为你获取注释。

原始核苷酸序列：在“Paste Sequence”标签页直接粘贴原始文本。

FASTA格式核苷酸序列：可以上传FASTA文件，或者在“Paste Sequence”标签页粘贴序列。如果FASTA文件包含多个片段（多FASTA），必须在“Upload File”标签页上传并勾选“我的输入包含多个独立的片段”。

🔍 示例数据

PHASTEST提供了所有上述格式的示例输入数据（除了原始核苷酸序列）。你可以通过以下方式测试这些数据：

上传文件：点击“Upload file”标签页中的链接下载GenBank文件或FASTA文件，然后上传到PHASTEST并运行。

输入GenBank号：点击蓝色框底部的绿色“Load example”按钮，PHASTEST会加载一个GenBank访问号供使用。

粘贴序列：点击“See an example FASTA sequence”链接下载FASTA文件，然后复制文本粘贴到PHASTEST。或者，点击绿色“Load example”按钮，PHASTEST会从FASTA文件加载序列文本到文本框。

🛠️ 其他输入参数

2.1 细菌序列注释模式

PHASTEST提供“Lite”和“Deep”两种注释模式。

Lite模式：使用Swissprot数据库，程序运行更快。

Deep模式：使用PHAST-BSD数据库，程序运行更慢，但更准确。

深度注释比精简注释更准确，因为它遗漏的蛋白质更少，可以选择寻求高速还是高准确性。对于某些输入，精简注释返回的结果与深度注释产生的结果相当，但对于其他输入，深度注释在预测蛋白质方面明显更好（参考https://phastest.ca/statistics 表6）。

2.2 预计算结果

如果你从“Upload File”或“Paste Sequence”标签页提交输入，PHASTEST会自动勾选“Use pre-computed results if available”。如果勾选，PHASTEST会检索输入查询的现有结果，节省时间。

2.3 邮件通知

PHASTEST允许你输入电子邮件地址以在注释处理完成时收到通知。虽然PHASTEST通常在几分钟内完成注释，但如果你希望稍后保存结果，强烈建议输入电子邮件，您的结果页面的URL永远不会过期。

2.4 记住我

在输入窗口底部，有一个预勾选的“Remember My Searches”选项。如果勾选，PHASTEST会记住你在当前浏览器中运行的任何注释。你可以通过点击页面左上角的三条平行线，然后导航到“My Searches”来访问之前完成的搜索。

🚀 提交结果

当你准备好后，点击“SUBMIT”，让PHASTEST施展魔法。

下载结果：你可以点击提交结果页面顶部的“Download Results”链接旁边的链接，下载注释结果的.zip文件。

区域摘要：这个标签页显示了输入序列中发现的所有潜在噬菌体的概览。发现了哪些类型的细菌、它们的遗传信息的完整程度以及它们在细菌基因组中的位置的一些细节。

噬菌体基因：这个标签页显示了注释中发现的噬菌体基因类型、位置和PHASTEST的可信程度。

细菌基因：这个标签页与“噬菌体基因”标签页功能相同，但显示的是细菌的注释基因，结果也是用颜色编码的，仅供快速参考，不建议使用PHASEST作为全基因组注释的首选工具。

基因组查看器2.0：这个标签页显示了提交序列中所有注释噬菌体基因的详细图形视图（圆形和线性）。你可以使用鼠标和滚轮放大/缩小和移动这些图表。

在圆形图上，两个外环（大部分是橙色）显示细菌基因，接下来的两个环（大部分是空的）显示噬菌体基因。在线性图上，使用相同的颜色，但顶部的两条轨迹显示噬菌体基因，向下的两条轨迹显示细菌基因。

在每个图形查看器窗口的底部，可以切换不同的查看选项并下载图形的图像。如果将鼠标悬停在图形的不同区域上，将看到一个弹出对话框，提供有关正在查看的基因的一些详细信息。

点击任何一个图表中的基因或区域都会导致线性图表放大点击的区域，如果滚动到页面底部，文本框将提供该基因的DNA和氨基酸序列。

🎉 结语

以上就是PHASTEST的使用指南啦。希望这个工具能帮助你在噬菌体研究中取得进展。Happy phaging! 🌐