医学单细胞及表观多组学技术应用线上公开课(武汉大学/菲沙基因)整理总结及学习(第三部分-细胞互作/stripe/ATAC)

一、空间细胞互作

单细胞推断细胞互作存在缺陷：仅根据配体-受体的表达水平，没有考虑细胞的空间位置关系，可能会导致假阳性结果。

细胞互作研究工具有很多，其中有四条标准：更精准，更定制，更深入，更全面。

stLearn: 输入文件包括基因表达数据，H&E染色图像数据和空间位置信息。

CellChat V2

DeepTalk：需要同步输入单细胞RNA和空间转录组数据

空间细胞互作的多种结果展示方式：细胞空间共定位，领域数量统计，细胞距离计算，配受体基因共表达。

二、compartment/TAD/loops 鉴定与注释

三、ATAC差异peaks与motif富集

这一部分主要还是讲了分析过程及可视化。

常用MEME/MEME-ChIP这两个工具

常用FIMO工具

常用AME工具

使用Tomtom工具

从JASPAR中下载motif文件

分析完成之后会得到如下结果

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