【流式笔记】FlowJo应用之tSNE/UMAP指北

上回书我们说到在flowjo中用tSNE or UMAP来对细胞亚群进行可视化，但没有提到具体的细节，这回小编找到了一个好东西，转给大家~

准备工作

FlowJo Exchange

• FlowAI
• FlowSOM
• ClusterExplorer
• UMAP

第一步：Select “FlowAIGoodEvents”

选中以后导出为新的Workspace，这将作为正式分析的“原材料”~

第二步：设置组别

这里可以把关键词设置为组别或者组织等等。

这时候可以根据样本对应的组别编号填写，比如1对应control，2对应stimulated，诸如此类。

第三步：对目标细胞亚群设门

比如想要对中性粒细胞进一步分析，那可以先把Ly6G+的细胞圈出来。然后右键选中Ly6G+细胞，Select Equivalent Nodes，合并这些样本。

这些样本会被合并为一个新的fcs文件。

第三步：组别识别

选中新的合并后的fcs文件，出现下图以后，再右键选择Create Gate on Peaks，这个时候各个组的编号会被识别出来。

第四步：运行 FlowSOM

第五步：运行 tSNE or UMAP

这是两个亚群——

第六步：运行 ClusterExplorer