曼哈顿图如何指定不同染色体不同的颜色

邓飞

发布于 2024-12-23 14:49:46

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大家好，我是邓飞，最近星球（飞哥的知识星球）有老师问了一个问题：

GAPIT软件，染色体的颜色是5个一循环，他有12个染色体，想每条染色体一个颜色绘制一条染色体：

我的回答：GAPIT大概率没有参数设置，但是可以把结果文件用CMplot进行可视化，这个肯定是没问题的，我回头写篇博客。那么，博客来了：

1，数据

library(CMplot)
data("pig60K")

# 挑选10000个位点
library(tidyverse)
set.seed(123)
dd = pig60K %>% sample_n(10000)
dd1  = dd %>% filter(Chromosome %in% 1:12)
dd1 %>% count(Chromosome)
head(dd1)

使用CMplot软件包的数据，提取12条染色体作为演示：

2，默认绘制曼哈顿图

# 默认颜色循环
CMplot(dd1[,1:4],plot.type = "m",threshold = c(0.05/nrow(dd)),file.output = F)

可以看出，十条染色体一组颜色，然后循环。

3，设置十二个颜色用于表示十二条染色体

CMplot包中的col参数，可以定义不同的颜色。

# 自定义每条染色体的颜色
colors = c("red", "blue", "green", "purple", "orange", "pink", "brown", "yellow", "cyan", "magenta", "gray", "black")
CMplot(dd1[,1:4],plot.type = "m",threshold = c(0.05/nrow(dd)),file.output = F,col = colors)

Rstudio中不同颜色，直接在编程界面显示出来了，666

所以，结论是什么，就是设置12条染色体的颜色，赋值给col参数即可。

PS，如果有20条染色体，每个染色体一个颜色，如何设置：

colors <- c("red", "blue", "green", "purple", "orange", "pink", "brown", "yellow", "cyan", 
            "magenta", "gray", "black", "darkgreen", "darkblue", "darkred", "darkorange", 
            "violet", "gold", "lightblue", "lightgreen")