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内存溢出危机：如何优化服务器和IDE的内存管理？

天意生信云

发布于 2025-01-22 00:01:26

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在使用服务器或者集成开发环境过程中，不可避免会遇到内存溢出的问题。所以内存管理的好坏直接决定了数据分析的效率，本篇将从实际场景出发，分享内存优化的关键技巧与实践，让你的工作流畅无阻！

实例内存监测

在跑大任务之前，用户端可以查看自己的实例所在的服务器是否有足够的内存，在天意云官网可以看到不同服务器情况和内存配置，用户可以自行切换，选择时段内最优配置跑任务。

如果内存剩余过低，可以登录服务器，使用命令如top、free -h检查内存消耗最多的进程。如果某些进程占用大量内存但并非必要，可以使用kill -9命令终止这些进程，释放部分内存。如果不及时处理，实例内存溢出会导致卡死，长时间超出套餐限制使用资源，系统会强制停止实例，届时未保存的数据会丢失。

Rstudio解决内存溢出与卡顿

自定义函数减少无用变量的残留

不定义函数的情况：

#不定义函数的情况
n <- 10^9
a <- matrix(1,n) #大内存对象1
b <- matrix(1, n) #大内存对象2

#计算a和b的和，并将结果存储在c中
c <- a + b

定义函数的情况：

#定义函数的情况
n<-10^9
memory_efficient_sum<-function(n){
  a<-matrix(1,n)#大内存对象1
  b<-matrix(1,n)#大内存对象2
  c<-a+b#计算a和b的和
  return(c)#返回结果
}

#调用函数，并传入n
c <-memory_efficient_sum(n)#这里传入的是变量n的值

在定义的函数memory_efficient_sum中，矩阵a和b是局部变量，它们只在函数执行期间存在。一旦函数执行完毕并返回结果，这些局部变量就不再被引用，因此它们所占用的内存可以被垃圾回收器回收。

通过定义一个函数，我们可以在函数内部处理所有内存密集型操作，而不需要在全局环境中保留这些大型对象的引用。这样做的好处是，函数执行完毕后，局部变量会被自动清理，从而释放内存。

Rstudio使用建议

1、运行gc()函数手动清理内存垃圾

2、关闭Rstudio注意

3、Rstudio打不开

进入天意云官网点击清理Rstudio会话：

还可以top -u shpc_xxx （shpc_xxx改成你自己的用户名）这样看看rsession是否一直在加载数据，或者执行watch free -m命令观察内存变化情况，如果内存使用量一直增加，建议进行等待。如果等到内存不再变化后，页面还是在loading的状态，可以使用浏览器无痕模式访问Rstudio，看看是不是前端页面卡住了。

如果等了很久，都不行的话，可以尝试杀掉对应的进程，然后重新登录

# 获取进程号
ps -ef | grep "/usr/lib/rstudio-server/bin/rsession -u $(whoami)" | grep -v grep

# 杀掉进程：将123换成上一步得到的进程号 -9是固定的值，不要动（下面还有一行，是grep进程，无需理会，只需要关注红色框的进程）
kill -9 123


# 上述两条命令实现的功能也可以使用下面这一条命令来实现
ps -ef | grep "/usr/lib/rstudio-server/bin/rsession -u $(whoami)" | grep -v grep | awk '{print $2}' | xargs kill -15