一文读懂转录组定量分析工具 StringTie

在生物信息学的世界里，转录组定量分析是探索基因表达奥秘的关键钥匙。昨天我们学习了RSEM，今天我们接着学习另一款基于比对的转录组定量分析工具——StringTie。

StringTie是由约翰霍普金斯大学Steven L. Salzberg教授领导的团队开发的，用于组装和量化RNA-Seq数据的分析工具。自2015年首次发布以来，StringTie凭借其高效、准确的特点，已成为转录组学研究中不可或缺的工具之一。

功能特点

高效的转录本组装：StringTie 具备强大的组装能力，能够从复杂的 RNA - Seq 数据中准确地重建转录本。它可以识别出基因的可变剪接形式，即使在低表达水平的基因中，也能有效组装出完整的转录本，这对于全面了解基因的功能和调控机制至关重要。

准确的定量分析：通过与参考基因组比对，StringTie 能够精确计算每个转录本的表达量。它采用了先进的算法，充分考虑了测序数据的特点，如测序深度、覆盖度等，从而提供可靠的定量结果。在研究不同组织或细胞类型的基因表达差异时，StringTie 的准确量化可以帮助我们发现关键的差异表达基因。

灵活的使用方式：既可以独立运行进行转录组分析，也能与其他生物信息学工具整合使用，如与 Ballgown 结合进行差异表达分析，这种灵活性使得它能够适应不同的研究需求和工作流程。

应用实例

论文标题：《Partitioning RNAs by length improves transcriptome reconstruction from short-read RNA-seq data》

内容：这篇Nature Biotechnology文章介绍了一种名为Ladder-seq的方法，通过根据RNA长度分离转录本来提高短读长RNA-seq数据的转录组重建准确性，使用基于StringTie2的定制方案进行参考基因组组装，其精确度比传统方法提高了30.8%。

总结

StringTie 作为一款功能强大的基于比对的转录组定量分析工具，以其高效的转录本组装、准确的定量分析和灵活的使用方式，在生物医学研究中发挥着重要作用。StringTie 在 Galaxy 生信云平台（usegalaxy.cn）上也有集成。对于生物或医学相关的本科生以及一些没有深厚生物信息学背景的科研人员来说，Galaxy 平台提供了极大的便利。