【重磅发布】PDBbind数据库新版上线，助力生物体系中分子相互作用的研究

新春伊始，万象更新，PDBbind数据库也以新的面目跨进新年。我们在此宣布：PDBbind 2024版本已在PDBbind+网络平台（www.pdbbind-plus.org.cn）正式上线！PDBbind数据库由本团队多年来精心打造，专注于收集和整理Protein Data Bank中各类生物分子复合物的三维结构信息及其亲合性实验数据。该数据库为分子对接、虚拟筛选、药-靶作用图谱等研究课题提供了高质量的数据基础，注册用户遍及全球70多个国家，助力相关领域中的研究人员取得突破性进展。

本团队通常会根据Protein Data Bank的增长，每年更新一次PDBbind数据库。PDBbind+网络平台上目前公开发布的版本为2021版，即根据Protein Data Bank在2021年初公布的内容制作。为了使广大用户有机会获得最新的数据，此次更新我们决定跳过2022版和2023版，直接发布2024版。换言之，此次2024版更新相当于过去三次常规年度更新的总和，是PDBbind数据库发展历史上的又一例显著事件。

此次发布的PDBbind 2024版本具有以下亮点：

（1）亲合性实验数据的大幅增加：从原始文献中收集的各类复合物的亲合性实验数据一直是PDBbind数据库的核心价值。PDBbind 2024版本收录了Protein Data Bank中33660个生物分子复合物的亲合性实验数据，其中涵盖了27300余个蛋白-配体复合物、200余个核酸-配体复合物、4500余个蛋白-蛋白复合物及超过1400个蛋白-核酸复合物。与之前公开发布的2021版相比，2024版本的数据总量增长了23%；与之前免费发布的2020版相比，数据增长则更是高达43%。数据规模的显著扩展，对于训练表征分子相互作用的各种AI模型具有重大价值。

（2）复合物结构文件质量的继续提升：在PDBbind 2024版本的制作过程中，我们采用了全新的工作流程来处理Protein Data Bank中蛋白-配体复合物的原始结构文件，使蛋白分子和配体分子在多种格式的结构文件中的表征变得更加准确和合理，与领域中其他软件更加适配。另外，我们在此次更新中也将这一工作流程应用于处理核酸-配体复合物结构，进一步拓展了数据库的应用范围。

（3）生物大分子复合物得到了重视：PDBbind数据库以往发布的版本只提供处理过的蛋白-小分子配体复合物结构文件。然而时至今日，PDBbind数据库中已经积累了相当数量的蛋白-蛋白复合物和蛋白-核酸复合物。此次2024版更新在PDBbind数据库历史上首次提供了处理后的生物大分子复合物结构文件，从而弥补了这一缺憾。我们建立了一套新的工作流程，用于合理处理原始PDB结构文件并适当修复分子结构中存在的问题。另外，我们在复合物亲合性数据记录中添加了必要的注释，使用户能够清晰解读这些复合物中相互作用链的信息。这些举措为专注生物大分子相互作用的研究人员提供了有力支持。

（4）功能增强的网络平台：全新的PDBbind+平台依托头部IT企业提供的商业云服务器资源，提供给用户更稳定的网络连接和更高效的在线计算服务。该平台不仅整合了用于分子结构可视化和数据搜索的常规功能，还集成了我们团队自主研发的生物活性分子反向找靶AI工具COMET以及超快速基于结构的虚拟筛选AI工具PLANET，用户可以在线提交作业并快速获得反馈结果。PDBbind+平台未来还将整合更多实用功能，致力于打造一个面向药物设计的综合性技术平台。

我们始终秉持促进合作与知识共享的理念，注册成为PDBbind+平台的体验用户（demo user）是免费的，并可试用一系列数据和计算服务。付费用户则可以获得PDBbind+平台上所有数据和计算服务的全面访问权限和全方位的技术支持。需要特别提醒的是：自2021版本起，PDBbind+平台是获取PDBbind数据库所属数据的唯一合法渠道。根据用户许可协议，任何公开转发PDBbind原始数据集及其及衍生数据集的行为均视为违反用户协议的行为，我们将保留追究相关责任的权利。发展自主知识产权的数据库并非易事，希望广大用户能够自觉遵守用户使用协议的规定。

最后，我们衷心感谢每一位支持PDBbind数据库的用户。未来我们将持续发展PDBbind数据库，并将PDBbind+建设为更具价值的网络技术平台，为人工智能药物设计等领域的科研工作提供高质量的数据支持与技术服务。

PDBbind团队

2025年1月25日

【注】PDBbind数据库的版权由复旦大学所有。PDBbind+网络平台由上海陶术生物科技有限公司协助建立和运营。