单细胞+空转分析之数据下载：胎肝中的造血干细胞/多能祖细胞（一）
单细胞+空转分析之数据下载：胎肝中的造血干细胞/多能祖细胞（一）
今天来学习一篇单细胞+空转分析的文献，于2022年1月发表在Cell Res杂志（IF=28.2）上，标题为：Identification of HSC/MPP expansion units in fetal liver by single-cell spatiotemporal transcriptomics。
文章主要内容
为了了解人的胎儿肝脏内 HSC/MPP 之间的发展关系及其功能，
首先，作者用 scRNA-Seq 技术揭示了三个转录异质性 HSC/MPP 亚群，其中一个富含 CD93 的亚群表现出增强的干细胞特性。
接着，通过对单细胞和空间转录组的联合分析，发现了新的 HSC/MPP “口袋状” 单位（P ‘pocket-like’ units，HSC PLUS），由生态位细胞 niche cells（hepatoblasts, stromal cells, endothelial cells, and macrophages）组成并富集生长因子。
其中，巨噬细胞在 HSC PLUS 中显示出 11 倍的富集。
后续，文章用实验验证了巨噬细胞和生长因子（MDK、PTN 和 IGFBP5）在 HSC/MPP 扩增中的支持作用。
单细胞图谱
三个转录异质性 HSC/MPP 亚群
HSCs/MPPs的expansion units定义
- we defined HSC/MPP-localized spots as intra-spots (indicating the closest relationship)
- HSC/MPP-surrounded spots as inter-spots (indicating the second closest relationship),
- other distant spots (indicating nearly no interactive relationship)
- For each niche cell type, analysis of enrichment score for different types of spots
这篇文章的单细胞联合空转的分析非常经典，我们通过实战来分析看看！
数据下载
取样背景：从胚胎第11.5天（E11.5）到胚胎第12.5天（E12.5），定植于胎肝（FL）的造血干细胞/多能祖细胞（HSCs/MPPs）获得了明确的 signatures，随后从胚胎第12.5天（E12.5）到胚胎第14.5天（E14.5）展现出扩张和分化的特征。
作者的实验设计如下，采用10×Genomics技术，在E11.5到E14.5之间每隔一天取一个胎肝。
单细胞共四个样本：
Project accession | Sample title | Organism | Breed | Strain | Age | Age unit |
|---|---|---|---|---|---|---|
PRJCA002426 | E11.5 Fetal Liver | Mus musculus | 11.5 | Day | ||
PRJCA002426 | E12.5 Fetal Liver | Mus musculus | 12.5 | Day | ||
PRJCA002426 | E13.5 Fetal Liver | Mus musculus | 13.5 | Day | ||
PRJCA002426 | E14.5 Fetal Liver | Mus musculus | 14.5 | Day |
空转数据为四个 E14.5 Embryo：
Project accession | Sample title | Organism | Breed | Strain | Age | Age unit |
|---|---|---|---|---|---|---|
PRJCA002426 | E14.5 Embryo S1 | Mus musculus | 14.5 | Day | ||
PRJCA002426 | E14.5 Embryo S2 | Mus musculus | 14.5 | Day | ||
PRJCA002426 | E14.5 Embryo S3 | Mus musculus | 14.5 | Day | ||
PRJCA002426 | E14.5 Embryo S4 | Mus musculus | 14.5 | Day |
数据存放在国家生物信息中心
编号为：https://ngdc.cncb.ac.cn/bioproject/browse/PRJCA002426 。
目前下载方式有好几种，我们前面也有相关的稿子写了，对于同一个数据集，我看到曾老板先后使用了三种方式下载：
然后还让小张老师介绍了受控的数据如何下载：
点进去看到单细胞和空转的链接：单细胞的GSA编号CRA002489，空转的GSA编号CRA003651。
以单细胞下载为例，我选择简单的 ascp 看看：
点开那个 aspera 旁边的问号，得到 -i 参数的 aspera01.openssh 文件以及下载命令：
# https://ngdc.cncb.ac.cn/gsa/browse/CRA002489
ascp -P33001 -i aspera01.openssh -QT -l100m -k1 -d aspera01@download.cncb.ac.cn:gsa/CRA002489 ./
速度非常快：
但是这个以整个项目进行下载的非常容易断，不容易下载成功。对于没有成功的文件，我们可以再单独下载看看：
# ID为没有下载成功的
cat ID
CRR126262
CRR126263
CRR126264
CRR126265
CRR126266
CRR126267
CRR126268
CRR126269
CRR126270
CRR126271
CRR126272
CRR126273
CRR126274
生成sh：
cat ID |while read id
do
echo "ascp -P33001 -i aspera01.openssh -QT -l100m -k1 -d aspera01@download.cncb.ac.cn:gsa/CRA002489/${id}/ ./CRA002489"
done >down.sh
sh内容：
ascp -P33001 -i aspera01.openssh -QT -l100m -k1 -d aspera01@download.cncb.ac.cn:gsa/CRA002489/CRR126262/ ./CRA002489
ascp -P33001 -i aspera01.openssh -QT -l100m -k1 -d aspera01@download.cncb.ac.cn:gsa/CRA002489/CRR126263/ ./CRA002489
ascp -P33001 -i aspera01.openssh -QT -l100m -k1 -d aspera01@download.cncb.ac.cn:gsa/CRA002489/CRR126264/ ./CRA002489
ascp -P33001 -i aspera01.openssh -QT -l100m -k1 -d aspera01@download.cncb.ac.cn:gsa/CRA002489/CRR126265/ ./CRA002489
ascp -P33001 -i aspera01.openssh -QT -l100m -k1 -d aspera01@download.cncb.ac.cn:gsa/CRA002489/CRR126266/ ./CRA002489
ascp -P33001 -i aspera01.openssh -QT -l100m -k1 -d aspera01@download.cncb.ac.cn:gsa/CRA002489/CRR126267/ ./CRA002489
ascp -P33001 -i aspera01.openssh -QT -l100m -k1 -d aspera01@download.cncb.ac.cn:gsa/CRA002489/CRR126268/ ./CRA002489
ascp -P33001 -i aspera01.openssh -QT -l100m -k1 -d aspera01@download.cncb.ac.cn:gsa/CRA002489/CRR126269/ ./CRA002489
ascp -P33001 -i aspera01.openssh -QT -l100m -k1 -d aspera01@download.cncb.ac.cn:gsa/CRA002489/CRR126270/ ./CRA002489
ascp -P33001 -i aspera01.openssh -QT -l100m -k1 -d aspera01@download.cncb.ac.cn:gsa/CRA002489/CRR126271/ ./CRA002489
ascp -P33001 -i aspera01.openssh -QT -l100m -k1 -d aspera01@download.cncb.ac.cn:gsa/CRA002489/CRR126272/ ./CRA002489
ascp -P33001 -i aspera01.openssh -QT -l100m -k1 -d aspera01@download.cncb.ac.cn:gsa/CRA002489/CRR126273/ ./CRA002489
ascp -P33001 -i aspera01.openssh -QT -l100m -k1 -d aspera01@download.cncb.ac.cn:gsa/CRA002489/CRR126274/ ./CRA002489
挂载到后台：
nohup bash down.sh >down.log &
经过一晚上的奋斗：
需要注意的是单细胞一个样本有多个run，所以这里不止有四个CRR编号。空间的数据同样的操作，这里就不多说了~
腾讯云开发者
