利用质粒参考数据库，从基因组草图组装中重建单个质粒序列，并与其他工具结合，一站式完成耐药基因注释

在微生物研究中，质粒携带着抗生素耐药基因、毒力因子等，通过水平基因转移在不同菌株间传递。传统方法需要经过繁琐的质粒提取和测序验证，而MOB-Recon的出现，让研究者可以直接从基因组组装数据中快速锁定这些关键质粒。

MOB-Recon是MOB-Suite工具包中的一个模块，专门用于从基因组组装数据中识别和重构质粒序列。它基于质粒参考数据库，能够对输入的contigs进行分类，判断其是否为质粒序列，并提取完整的质粒序列。MOB-Recon还提供了详细的报告，包括contig的聚类信息、可能的复制子类型、松弛酶类型等，帮助研究人员更好地理解质粒的结构和功能。

功能特点

质粒序列识别

MOB-Recon内置权威质粒数据库，支持自动比对与分类，能够从基因组组装数据中准确识别质粒序列，即使质粒序列被整合到染色体中也能被检测到。 MOB-Recon通过以下创新实现了质粒重建的精准定位：

1. 1. 数据库比对：依托全球最大的质粒参考数据库PLASDB（含超18,000个质粒序列），通过Mash算法快速锁定相似序列。
2. 2. 染色体排除法：自动过滤已知染色体序列，精准识别整合型质粒（如文献中发现的染色体嵌入型mcr-1耐药质粒）
3. 3. 移动元件检测：通过relaxase基因（质粒转移关键酶）和oriT序列（转移起始位点）锁定可移动质粒

详细报告生成

MOB-Recon输出文件包含15+特征字段，其生成详细的报告，包括contig的聚类信息、 质粒分类、复制子类型、松弛酶类型、移动元件特征解析等，帮助研究人员全面了解质粒的特征。

整合分析

MOB-Recon可以与STARAMR等工具结合，形成完整的“移动组和抗性组分析工作流”，一站式完成耐药基因注释，为抗生素抗性基因的传播机制研究提供支持。

灵活的应用场景

MOB-Recon适用于各种微生物基因组分析，包括病原菌研究、环境微生物组分析等。

• • 常见误区： × 将全部小contigs归为质粒（需结合GC含量异常检测） √ 关注cluster内contigs的覆盖度一致性

四大应用场景解析

1. 1. 抗生素耐药性追踪 通过分析病原菌中的质粒序列，MOB-Recon可以帮助研究人员揭示抗生素抗性基因的传播机制。
2. 2. 医院感染溯源 对院内爆发的多重耐药菌株进行质粒分型，识别克隆传播与水平转移事件
3. 3. 环境微生物研究 分析污水处理厂微生物群落的可移动基因元件，评估抗性基因环境扩散风险
4. 4. 合成生物学质粒设计 筛选天然质粒骨架用于基因工程载体构建（如高拷贝复制子优化）

总结

作为微生物组研究的“基因追踪器”，MOB-Recon通过三大技术创新解决了质粒识别的核心痛点： ① 整合染色体排除策略避免假阳性 ② 多维度移动元件检测提升灵敏度 ③ Galaxy（网址：usegalaxy.cn）可视化流程降低使用门槛 更通过与耐药基因分析的深度整合，为院感防控、耐药机制研究提供了高效的解决方案。随着临床微生物检测和One Health研究的推进，这项技术将在耐药基因监控、医院感染控制等领域发挥更大价值。