小小配置一下，装github的R包畅通无阻

我写技术帖有一种曲高和寡的感觉，上次写了一个花我四个小时才解决的问题，阅读量 190 哈哈哈，4小时欸，怎么也得值个千儿八百的吧~~~幸好我也就记录一下，不指着这个挣钱，不然三天饿九顿啊！

本文也是，只有你受过 github 安装 R 包网络问题的摧残，才能理解它的含金量啊！如果你理解了赶紧在评论区给我夸两句啊，造造势！！

如果还没学到这块儿，那要不拉到最后点个赞？凑点完读率也可以欸，给我增加点动力。

背景知识

我们经常需要从 GitHub 安装一些优秀的 R 包，比如cellchat、SeuratData等。然而，由于 GitHub API 访问限制，经常无法安装。传统的解决办法是：

在 R 包对应的页面点击绿色 code 键，Download ZIP，将文件放在工作目录下，用下列代码安装：

devtools::install_local("idmap1-master.zip")

"idmap1-master.zip"是下载下来的包文件名，需要自行替换。

当需要大量下载时，每次都去手动操作就比较麻烦了。而且本地安装处理配套依赖包的能力太差了，换句话说，就是你还需要自行安装依赖包，虽然有个参数，但设置了也没啥用。

这就需要更有技术含量的操作--生成 GitHub 个人访问令牌，并在 R 中正确配置和使用，让你的 devtools::install_github()畅行无阻。

1. 什么是 GitHub 个人访问令牌

GitHub 个人访问令牌（Personal Access Token, PAT）是 GitHub 提供的一种身份验证方式，用于代替传统的用户名和密码。它可以让 R 语言工具如devtools顺利访问 GitHub API，避免因访问频率过高导致的限制。

2. 生成 GitHub 个人访问令牌

2.1 登录 GitHub 并进入开发者设置

➡️打开 GitHub 官网，并登录你的账户。

➡️点击右上角头像，选择 Settings（设置）。

➡️在左侧菜单最后，选择 Developer settings（开发者设置）。

2.2 生成新令牌

➡️在开发者设置页面，点击 Personal access tokens（个人访问令牌） → Tokens (classic)。

➡️点击 Generate new token (classic) 按钮，进入令牌生成页面。

2.3 设置令牌权限

Note（备注）：输入令牌的用途说明，例如 "R package installation"。

Expiration（有效期）：选择令牌的有效期（建议选较长时间，或根据需求选择）。

Scopes（权限范围）：勾选read:packages 权限 ，用于读取公开仓库的包。

拉到最后，点击“generate token”，复制下来。

千万记得：生成令牌后，一定要复制保存，因为页面关闭后无法再次查看。

3. 为 R 语言装包配置个人令牌

3.1 临时用用

Sys.setenv(GITHUB_PAT = "xxxxxxx")

将 xxxxxxx 替换为你刚刚生成的令牌，然后使用代码安装：

devtools::install_github("jmzeng1314/idmap1")

这里的 jmzeng1314 是 R 包的开发者的用户名，idmap1 是包名。

注意：Sys.setenv 代码设置，在重启 Rstudio 窗口之后就会失效，也就是说你每次要安装之前，都需要先运行 Sys.setenv 来设置令牌。

3.2 更改配置文件长期使用令牌

好处：不用在每次重启 Rstudio 窗口之后自行运行 Sys.setenv...设置。

但是~新手谨慎操作！因为配置文件一旦搞错了，可能你要折腾很久。以.开头的文件都是配置文件，是不建议新手操作的。

在 R 中运行以下代码打开 .Renviron 文件：

file.edit("~/.Renviron")

➡️在文件中添加以下内容：

GITHUB_PAT=xxxxxx

将 xxxxxxx 替换为你刚刚生成的令牌，注意等号前后不能有空格。

➡️保存并关闭文件，重启 Rstudio。

这样，每次运行 R 时，令牌会自动加载，无需重复设置。

➡️检查是否配置成功

关闭在重新打开 Rstudio，运行：

Sys.getenv("GITHUB_PAT")

能看到自己的令牌就是成功了。

4. 注意事项

令牌等同于密码，不可轻易示人。所以你不要企图抢我的啊，不给！

一般不建议设置永久有效，万一被盗了咋整。当然你嫌麻烦，github 也没什么好盗的话，设置永久也可以。

给令牌的权限不要太多，够用就行。