CUT&Tag 数据处理和分析教程（2）

数据科学工厂

发布于 2025-03-06 21:58:42

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FastQC 质量控制

下载FastQC

##== linux command ==##
mkdir -p $projPath/tools
wget -P $projPath/tools https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.9.zip
cd $projPath/tools
unzip fastqc_v0.11.9.zip

运行fastQC以进行质量检查

##== linux command ==##
mkdir -p ${projPath}/fastqFileQC/${histName}

$projPath/tools/FastQC/fastqc -o ${projPath}/fastqFileQC/${histName} -f fastq ${projPath}/fastq/${histName}_R1.fastq.gz
$projPath/tools/FastQC/fastqc -o ${projPath}/fastqFileQC/${histName} -f fastq ${projPath}/fastq/${histName}_R2.fastq.gz

质量检查结果

质量检查参考：https：//www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/bad_secorence_fastqc.html

合并重复

有时候，为了提高效率，样本会被分成几个泳道来测序，通常在比对前会把它们混合在一起。如果你想看看同一个样本在不同泳道测出来的序列是否一致，可以直接跳过这一步，分别对每个测序文件（ fastq 文件）进行比对。

##== linux command ==##
histName="K27me3_rep1"

mkdir -p ${projPath}/fastq
cat ${projPath}/data/${histName}/*_R1_*.fastq.gz >${projPath}/fastq/${histName}_R1.fastq.gz
cat ${projPath}/data/${histName}/*_R2_*.fastq.gz >${projPath}/fastq/${histName}_R2.fastq.gz

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原始发表：2025-03-04，如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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