首篇TCellAtlas 数据库以及T细胞自动注释工具 STCAT

“最近在朋友圈看到郭安源老师发一个会议链接（具体见今天的次页），点进去看了一眼一下子就注意到了他们团队的新作：TCellAtlas 数据库和T细胞自动化注释工具STCAT，超全的T细胞亚型数据库包含68 T-cell subtypes and states。激动，想想看细胞亚群注释可是非常难的啊，各种五花八门的注释方式都有。那这个工作无疑为我们提供了一个非常全面的T细胞注释参考和行业注释标准，是一个非常有意义的工作！下面来简单看看~

数据库网址：https://guolab.wchscu.cn/TCellAtlas/

TCellAtlas 收录了 来自10X Genomics的339个样本共1,677,799个T细胞，以及 Smart-seq测序的47,215个T细胞：共有 68种 T-cell subtypes and states。

数据都可以进行下载

可以按照组织，疾病，收录的项目Project等下载，下载还提供了两种 原始的count.h5ad 以及带有数据处理和注释的 h5ad，真的太棒啦！

还可以上传自己的数据进行注释！

注释操作分为简单的三部曲，还可以选择注释的方法！

具有完善的说明文档！

一个好的详细的说明文档可是太重要了：

注释工具STCAT

stcat除了数据库中的网页版本，还有一个python工具：https://github.com/GuoBioinfoLab/STCAT，文章处于已接收状态：

示例代码：https://github.com/GuoBioinfoLab/STCAT/blob/main/tutorial.ipynb

# 软件安装
conda create -n STCAT python=3.9.16
conda activate STCAT
pip install STCAT

# Example:
import scanpy as sc
import STCAT
adata = sc.read_h5ad(<file_path>)
results = STCAT.STCAT(adata)

“希望后面可以再多给一点数据示例教程呀！

如果你想听郭安源老师的亲自解说，详细请看看我们今天的次页会议宣传~