目前常见的分析主要涉及3个物种,即人类、小鼠、大鼠,3者在基因名书写上存在一定特点
多数情况下,如将小鼠基因映射到人类基因,只需将其基因(首字母大写)改为全部大写即可,但有时也会有差异,这里介绍使用使用babelgene进行不同物种间的基因映射
babelgene 是一个用于在人类和非人类基因同源物/正交物之间进行转换的 R 包,以下是关于它的详细介绍:
功能特点
主要函数
安装与使用
library(babelgene)
orthologs(genes = c("TP53", "EGF"), species = "mouse")
最近分析了一个数据集(物种:小鼠),因为后面要将其差异基因与Genecard等数据库基因取交集,所以使用babelgene进行小鼠基因到人源基因的映射
#GEO
gene_up <-data.table::fread("Case/GSE246623/GSE246623_up_gene.csv",
data.table = F)
gene_up <- gene_up$V1
length(gene_up)#160
gene_down <-data.table::fread("Case/GSE246623/GSE246623_down_gene.csv",
data.table = F)
gene_down <- gene_down$V1
length(gene_down)#259
GSE246623_gene <- unique(c(gene_up,gene_down))
#基因映射
#human = FALSE 表示输入的基因是小鼠基因,需要转换为人类基因
human_genes <- orthologs(genes = GSE246623_gene, species = "mouse", human = FALSE)
#文件保存
write.csv(human_genes, file = "GSE246623_human_genes.csv", row.names = FALSE)
注:
原创声明:本文系作者授权腾讯云开发者社区发表,未经许可,不得转载。
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