OPLS-DA 模型得到的变量权重值 (Variable Importance for the Projection, VIP) 能够用于衡量各代谢物的表达模式对各组样本分类判别的影响强度和解释能力, 挖掘具有生物学意义的差异代谢物分子。通常 VIP>1 的代谢物被认为在模型解释中具有显著贡献
代谢组学通常以严格的 OPLS-DA VIP>1 和 P value < 0.05 为显著性差异代谢物筛选标准,差异代谢物示例表格。若以 OPLS-DA VIP>1 和 P value < 0.05 为标准,筛选到的差异代谢物数量较少,可考虑将标准降低,调整为 OPLS-DA VIP>1 和 P value < 0.1。
正负离子分开分析
筛选到差异代谢物,可再根据对应代谢物的logFC判断上调下调,用条形图、聚类热图展示等
5. 相关性分析
相关性分析可以帮助衡量显著性差异代谢物(VIP>1,P value < 0.05)之间的代谢密切程度(metabolic proximities),有利于进一步了解生物状态变化过程中代谢物之间的相互调节关系。具有表达相关性的代谢物,可能共同参与某一生物过程,即功能相关性