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社区首页 >专栏 >🤩 enrichment_all | 一键完成富集分析!~(配高颜值可视化!)

🤩 enrichment_all | 一键完成富集分析!~(配高颜值可视化!)

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生信漫卷
发布2025-04-28 12:52:12
发布2025-04-28 12:52:12
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写在前面

最近做这些富集分析实在太烦了,我就自己写了2个函数,run_enrichment_all()plot_enrichment_all()。😂

2个函数可以轻松完成GOKEGG的富集分析和可视化,具体大家看一下。😜

当然也参考了别人的代码,深表感谢哈!~😆

用到的包

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library(clusterProfiler)
library(AnnotationDbi)
library(dplyr)
library(ggplot2)
library(tibble)
library(tidyr)
library(ggprism)
library(gground)

输入文件

输入文件可以是SYMBOL也可以是ENTREZID。😘

我这里以ENTREZID为例。🙊

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data(geneList, package="DOSE")

gene <- names(geneList)[abs(geneList) > 2]

gene

开始富集

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dir.create("./enrichment")

这里第一个函数,是基于clusterProfiler的,可以轻松完成所有的G0(包括BP,CC,MF)和KEGG分析。🧐

如果你懒得改参数,这里我都有默认好的。😘

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res <- run_enrichment_all(gene, 
                          species = "human", # "human", "mouse", "rat"
                          id_type = "ENTREZID", # "ENTREZID", "SYMBOL"
                          pvalueCutoff = 0.05,
                          qvalueCutoff = 0.05,
                          minGSSize = 5,
                          maxGSSize = 500,
                          readable = T
                          )

write.csv(res$BP, "./enrichment/enrichment_all_result_BP.csv")
write.csv(res$CC, "./enrichment/enrichment_all_result_CC.csv")
write.csv(res$MF, "./enrichment/enrichment_all_result_.csv")
write.csv(res$KEGG, "./enrichment/enrichment_all_result_KEGG.csv")

可视化

这里默认参数也是做好的。😘

当然你也可以按需更改。😂

显示top5条目

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plot_enrichment_all(res, top_n = 5)

每个Term下显示10个基因

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plot_enrichment_all(res, top_n = 5, gene_show_num = 10)

更改配色

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plot_enrichment_all(res,
                    top_n = 5, # default 5
                    gene_show_num = 10, # default 5
                    color_palette = c("#640D5F", "#D91656", "#EB5B00", "#FFB200")
                    )
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原始发表:2025-04-27,如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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