🤩 enrichment_all | 一键完成富集分析！~（配高颜值可视化！）

生信漫卷

发布于 2025-04-28 12:52:12

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写在前面

最近做这些富集分析实在太烦了，我就自己写了2个函数，run_enrichment_all()和plot_enrichment_all()。😂

这2个函数可以轻松完成GO和KEGG的富集分析和可视化，具体大家看一下。😜

当然也参考了别人的代码，深表感谢哈！~😆

用到的包

library(clusterProfiler)
library(AnnotationDbi)
library(dplyr)
library(ggplot2)
library(tibble)
library(tidyr)
library(ggprism)
library(gground)

输入文件

输入文件可以是SYMBOL也可以是ENTREZID。😘

我这里以ENTREZID为例。🙊

data(geneList, package="DOSE")

gene <- names(geneList)[abs(geneList) > 2]

gene

开始富集

dir.create("./enrichment")

这里第一个函数，是基于clusterProfiler的，可以轻松完成所有的G0（包括BP,CC,MF）和KEGG分析。🧐

如果你懒得改参数，这里我都有默认好的。😘

res <- run_enrichment_all(gene, 
                          species = "human", # "human", "mouse", "rat"
                          id_type = "ENTREZID", # "ENTREZID", "SYMBOL"
                          pvalueCutoff = 0.05,
                          qvalueCutoff = 0.05,
                          minGSSize = 5,
                          maxGSSize = 500,
                          readable = T
                          )

write.csv(res$BP, "./enrichment/enrichment_all_result_BP.csv")
write.csv(res$CC, "./enrichment/enrichment_all_result_CC.csv")
write.csv(res$MF, "./enrichment/enrichment_all_result_.csv")
write.csv(res$KEGG, "./enrichment/enrichment_all_result_KEGG.csv")

可视化

这里默认参数也是做好的。😘

当然你也可以按需更改。😂

显示top5条目

plot_enrichment_all(res, top_n = 5)

每个Term下显示10个基因

plot_enrichment_all(res, top_n = 5, gene_show_num = 10)

更改配色

plot_enrichment_all(res,
                    top_n = 5, # default 5
                    gene_show_num = 10, # default 5
                    color_palette = c("#640D5F", "#D91656", "#EB5B00", "#FFB200")
                    )