脚本分享—从fasta格式文件中批量提取特定位置的序列

脚本简介：

这个脚本主要用于从FASTA格式文件中批量提取指定位置的序列，可以应用在很多不同场景，比如：

• 提取基因内部特定区域的序列，例如用于分析蛋白质或核酸的二级结构区域；
• 设计引物时，截取目标区域的序列作为模板；
• 需要对特定区域进行比对或变异分析时，快速提取目标序列；
• 亚细胞定位预测后，提取对应区域的序列进行进一步研究；
• 根据BLAST比对结果，批量提取匹配到的特定序列；
• 批量提取UTR区域、基因间隔区等非编码序列；
• 批量提取基因启动子区域序列，便于启动子分析；
• 从基因组中提取基因簇等大段连续序列；
• 提取各类移动元件序列或特定基因，比如基因组岛、前噬菌体、整合子、插入序列、操纵子区域，以及像16S rDNA这样的功能基因。

总之，通过这个脚本，用户可以根据自己的研究需要，从FASTA文件中灵活、精准地提取指定区间的序列，广泛应用于各种生物信息学分析工作中。

安装biopython模块：

# 使用pip安装
pip install biopython  

查看脚本帮助文档：

python Extract_fasta_by_site.py -h

脚本使用方方法：

1）脚本准备文件如下图所示

2）fasta文件详解

3）提取位置文件详解

实战演习

python Extract_fasta_by_site.py sequence.fasta site_list.tsv output