引自生信技能树
编程语言;环境
集成开发环境
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(1)控制台窗口
(2)脚本编辑器(逐行运行ctrl+enter;选中运行ctrl+A)
(3)使用“#”为脚本注释
(4)脚本保存和关闭(.R结尾),默认的保存位置是某个工作目录下
注意:一个单词后面跟了一对小括号,那么这个单词一定是一个函数。
(1)输出结果;
(2)报错error——检查命令和环境,修正后重新运行;
(3)警示warning——忽略;
(4)没反应——出现大于号,运行已完成;
(5)太长时间卡住不动——点击红色的中止键或者重启session;
(6)出现“+”号——代表延续,补齐缺少的括号/引号,或者光标放在“+”后面,点esc键退出;否则后面的代码不能顺利运行。
(7)出现提示信息——检查是否有error,没有就忽略;
(8)进一步选择——回答它。
代码
class("Jimmy")
(1)R语言里面的赋值符号
(2)变量的命名
(1)object找不到对象——忘记打引号/没有定义变量或赋值,缺少前提条件;
(2)function翻译为函数,表示函数写错了;
(3)TRUE和FALSE只能大写,或简写为T/F;
(4)unexpected是代码错误的关键词,?出现的位置就是错误的位置;
(5)看报错信息要抓关键词:要看error冒号的后半句;
(6)两个小技巧:①tab键补齐;②上下键:放在>后面,然后摁上键,可修改上一条命令。
(1)比较运算符号有:<,>,==,<=,>=,!=;
(2)逻辑运算,多个逻辑条件连接:与&,或|,非!
(1)is族函数,判断,返回值为T/F
代码
is.numeric()/is.logical()/is.character()
(2)as族函数实现数据类型之间的转换
代码
as.numeric()/as.logical()/as.character()
#####2.1.向量生成#####
#(1)用 c() 结合到一起
c(2,5,6,2,9)
c("a","f","md","b")
#(2)连续的数字用冒号“:”
1:5
#(3)有重复的用rep(),有规律的序列用seq(),随机数用rnorm()
rep("x",times = 3)
seq(from = 3,to = 21,by = 3)
rnorm(n = 3)
#(4)通过组合,产生更为复杂的向量。
paste0(rep("x",times = 3),1:3)
#这里的"x"不是变量,而是字符型数据。
x = a
#🌟要想把上面的指令改正的话,有两种办法
#1、改成字符型数据a
x="a"
x
#2、a是个变量,忘记赋值了
a="jimmy"
x=a
x
详见以下代码块,加🌟的地方为补充
#####2.2对单个向量进行的操作####
#🌟前面的操作只是生成了向量,但并没有把向量存下来,所以environment那里还是空的。
#(1)赋值
x <- c(1,3,5,1)
x
#(2)简单数学计算
x+1
log(x)
sqrt(x)
#(3)根据某条件进行判断,生成逻辑型向量
x>3
x==3
#(4)初级统计
max(x) #最大值
min(x) #最小值
mean(x) #均值
median(x) #中位数
var(x) #方差
sd(x) #标准差
sum(x) #总和
length(x) #长度,向量的组成部分是元素,长度就是元素的个数
unique(x) #去重复
duplicated(x) #判断对应元素是否重复
table(x) #重复值统计
#🌟举例练习
y = c("a","a","b","b","c","c")
y
duplicated(y)
table(y)
sort(x)
#🌟默认思想,英文?+函数名查帮助文档
?sort
sort(x,decreasing = F)
sort(x,decreasing = T)
注意:完成练习题2-2(向量的生成)
# 说明:__处是填空,双击__处即可填空
# 左侧的红色❌是因为下划线导致的语法错误,忽略
# 练习2-2
# 1.生成1到15之间所有偶数,并用代码查看a的内容
a = seq(from = __,to = __,by =__)
a
#答案:2,14,2
# 2.生成向量,内容为:"student2" "student4" "student6" "student8"
# "student10" "student12" "student14"
paste0(rep("student",times = __),a)
#答案:lenth(a)。
#🌟填7也可以,但这个7是我们数出来的,那7可以怎么用代码计算出来呢?所以要尽量用函数length(a)来数向量的元素个数。
# 3.将两种不同类型的数据用c()组合在一起,看输出结果
c(__,__)
#🌟向量只允许一种数据类型,所以数据类型转换的优先顺序为:字符型>数字型>逻辑型
#把逻辑型转换为数值,TRUE转换为1,FALSE转换为0
as.numeric(TRUE)
as.numeric(FALSE)
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老师提问:若两边的y各增加一个元素2,那么两边产生的逻辑值的个数分别为5和4。
#####2.3.对两个向量进行的操作#####
x = c(1,3,5,1)
y = c(3,2,5,6)
#(1)比较运算,生成等长的逻辑向量
x == y
y == x
#🌟x == y与y == x是相同的
#(2)数学计算
x + y
#(3)连接
paste(x,y,sep=",")
#paste与paste0的区别
paste(x,y)
paste0(x,y)
paste(x,y,sep = "")
paste(x,y,sep = ",")
#🌟查帮助文档,这两个函数不止可以连接两个向量,而是多个。
#当两个向量长度不一致
x = c(1,3,5,6,2)
y = c(3,2,5)
x == y # 啊!warning!
#🌟循环补齐--看ppt。循环补齐的条件:两个向量,元素与元素之间一对一的等位计算(只包括比较运算、数学计算和连接)。
#利用循环补齐简化代码
paste0(rep("x",3),1:3)
paste0("x",1:3)
#(4)交集、并集、差集(我有你没有)
x = c(1,3,5,1)
y = c(3,2,5,6)
intersect(x,y)
union(x,y)
setdiff(x,y)
setdiff(y,x)
x %in% y #x的每个元素在y中存在吗
y %in% x #y的每个元素在x中存在吗
#🌟与前面x==y的区别:前者是位置一一对应的比,会发生循环补齐;后者不是一一对应的比,只要有就行。
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#####2.4.向量筛选(取子集)--看ppt#####
x <- 8:12
#根据逻辑值取子集
x[x == 10]
x[x < 12]
x[x %in% c(9,13)]
#根据位置取子集
x[4]
x[2:4]
x[c(1,5)]
x[-4]#第四个元素不取
x[-(2:4)]#不要第2-4个元素
#蓝色和绿色球代码
x=c("蓝","蓝","绿","黄","白","绿")
y=c("蓝","绿")
x[x%in%y]
####2.5.修改向量中的某个/某些元素:取子集+赋值
x
#改一个元素
x[4] <- 40
x
#改多个元素
x[c(1,5)] <- c(80,20)
x
#🌟R语言里面的修改都要经过赋值,没有赋值就没有发生过。
#举例
x=c(1,3,5,7,0)
x+1
as.character(x)
x
#修改
x=c(1,3,5,7,0)
x=x+1
x
x=as.character(x)
x
#### 2.6 简单向量作图
k1 = rnorm(12);k1 #两句代码写在同一行上,用分号进行连接。
k2 = rep(c("a","b","c","d"),each = 3);k2
plot(k1)
boxplot(k1~k2) #课后试着搜索boxplot表达什么意思,箱线图,怎么看,如何用呢。k1作为横坐标,k2作为纵坐标。
原创声明:本文系作者授权腾讯云开发者社区发表,未经许可,不得转载。
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