单倍型分析：个体所对应的单倍型是？

大家好，我是邓飞。

前几天写了一些单倍型分析的博客：如何计算群体中的单倍型频率，单倍型的显著性分析，以及介绍了为何要做单倍型分析：GWAS分析完，要做单倍型图，还要做单倍型的显著性分析？

然后有小伙伴留言，想知道每一个个体对应的单倍型是哪一个？

既然小伙伴问了，那就写一篇吧。

数据还是用之前Haploview的数据，单倍型分析全套教程参考：从入门到出家：单倍型Haploview分析（万字详解），配套数据：

1，先看一下文件单倍型划分

发现，10号染色体的，这个区间，有几个位点位于一个block里面。

2，提取block的文件

看一下map数据：

没问题，就是这几个。

3，将数据变为vcf

4，使用geneHapR包处理vcf

## 导入基因型vcf数据
library(geneHapR)

vcf = import_vcf("df2.vcf")

# 单倍型分型
hapResult <- vcf2hap(vcf)

write.csv(hapResult,"df2-1-hapresult.csv")

结果文件：

上面结果中，共有11个单倍型，每个个体都会给出具体的单倍型分型。