Linux 零基础入门 DAY12

cat 查看文本文件的内容，输出到屏幕

①-A ## 打印所有内容，包括特殊字符，如制表符，回车键$；②-n ## 打印出所有行号，-b 参数仅打印非空白行行号

①往文件里面写东西：$ cat > file （>是重定向符），输入内容存入file，按ctrl+c终止，最后 cat file 查看；②zcat：可以查看压缩的文本文件。

head / tail -n ：查看文件的前/后 n 行，默认 10 行

-n ：查看文件的前/后 n 行

$ cat Data/example.gtf | head -n 3，| 是管道符

more 参数 文件名

逐页查看，按空格翻页，按回车换行, 按q退出

用法比less简单一些，less是升级版的more

less 参数 文件名

①-N：显示行号；②-S：单行显示；③zless：查看压缩文件；④用“/keyword”进行关键词查询；⑤n/N：上下浏览关键词；⑥g/G：快速回到开头/末尾。

more和less有自己独立的空间展示，不会打印到屏幕上，但可以用管道符传递给head，使其打印出来。

wc：统计文本

①-l 统计行数；②-w 统计字符串数（包括空格）；③-c 统计字节数；

①可以放好几个文件进行统计；②多用来统计行

cut：文本切割

①-d 指定分隔符，默认\t（tab）键，；②-f 输出哪几列（字段fields），不可省略，可以多输出几列（1，3-5，7）。

①cut –d不只可以指定标点符号为分隔符，也可指定字母或者数字等字符为分隔符（cut –d 'h'），以h作为分隔符。

sort：排序

①-n：按照数值从小到大进行排序；②-V：字符串中含有数值时，按照数值从小到大排序；③-④r：逆向排序；⑤-k：指定按哪一列排序；⑥-t：指定分隔符；

①cat Data/example.gtf |sort -k 4 -n | less -SN 必须用 -k指定列，其它参数往列的后面放；

uniq：去除重复行

-c：统计每个字符串连续出现的行数

uniq比较”懒”，只能去除相邻的重复行!因此记得要跟sort连用

paste：文本合并

-d：指定分隔符-s：按行合并

①上下合并用cat，左右合并用paste；②paste file1 file2 ；③ seq 20 | paste - -两两成行。

tr：字符替换

-d：删除指定字符（删除空格）-s：缩减连续重复字符（可以整好看一点，练习题7有）

tr ‘’ ‘’把前者替换为后者

md5sum：生成md5值

-c：检验md5值

①md5sum <文件>；②md5sum Data/reads.1.fq.gz >reads.1.fq.gz.md5；③cat reads.1.fq.gz.md5；④md5sum -c reads.1.fq.gz.md5

补充：column -t 该命令可以让输出更整齐；制表符（\t，输入）（^I，cat显示）；换行符（\n，输入）（$，cat显示）；MD5的用途：用于验证数据的完整性，严格程度是一模一样。