Linux 软件安装 DAY14

## 下载miniconda3安装包，-c是继续的意思
wget -c https://mirrors.pku.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

## 安装，安装过程: 问yes/no的时候一律回答yes，没有问的时候直接回车，看到more按q退出
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 

## 重新加载配置文件
source  ~/.bashrc 

## 查看 conda 的帮助文档。能打印出帮助文档即说明安装完成。
conda --help

## 配置镜像

# 下面四行配置北京大学的conda的channel地址（首选）
conda config --add channels https://mirrors.pku.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.pku.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.pku.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

# 如果你的服务器在海外，可以添加下面这两条官方频道，如果在国内就不用添加了，加了反而会更慢（不推荐）
# conda config --add channels conda-forge 
# conda config --add channels bioconda

# 删除默认添加的两个频道
## 方式1：
conda config --remove channels https://repo.anaconda.com/pkgs/main
conda config --remove channels https://repo.anaconda.com/pkgs/r
## 方式2：
sed -i '/repo/d' ~/.condarc
## 目前新版本的miniconda3会在安装好之后在miniconda3文件夹内带一个写有默认频道的.condarc文件
## 这个文件也要删除掉，否则还是会加载官方频道从而减慢软件安装的速度
rm -rf ~/miniconda3/.condarc

# 查看配置结果
cat ~/.condarc

## 每次更换完频道之后记得要清除一下index。
# -i 是指清除掉构建好的index，清除掉之后才会从新的频道下载软件包
conda clean -i 
# 也可以把所有的缓存都清除掉
conda clean -a  

# 创建名为rna的软件环境来安装转录组学分析的生物信息学软件
conda create -y -n  rna  python=3.9
# 创建小环境成功，并成功安装python3.9版本

# 查看当前conda环境
conda env list
# 或者
conda info -e

# 每次使用小环境前要先激活：
conda activate rna

# 退出小环境（非必须步骤）
conda deactivate

# 激活环境
conda activate rna

# 安装 fastqc 软件
conda  install  fastqc

# 调出帮助文档
fastqc --help

# 可以指定软件版本
conda install -y samtools

# 可以一次安装多个软件
conda install -y python=3.9 trim-galore cutadapt hisat2  subread  multiqc  samtools  salmon fastp fastqc sra-tools

## 不是通过软件名来调用帮助文档，而是软件的子命令的情况：
# sra-tools
prefetch --help
prefetch --help
which prefetch

#  trim-galore
trim_galore --help
cutadapt --help

## 其他的正常用软件名称调用帮助文档即可：
# hisat2
hisat2 --help

# subread
featureCounts --help

# multiqc
multiqc --help

# samtools
samtools --help

# salmon
salmon --help

# fastp
fastp --help