大佬一折腾，你学单细胞的难度又增加了，但我会救你

今天是生信星球陪你的第1058天

公众号里的文章大多数需要编程基础，如果因为代码看不懂，而跟不上正文的节奏，可以来找我学习，相当于给自己一个新手保护期。我的课程都是循环开课，点进去咨询微信，随时可以报名↓ 生信分析直播课程(每月初开一期) 生信新手保护学习小组长期报名中（每月一期） 单细胞陪伴学习小组（每月一期）

最近的单细胞代码出现了3个bug，其根源都是大佬更新包。只有新装或者更新这些包才会遇到问题哦，以前的用户不更新就不会有问题哈哈哈。

2025年9月11号，ggplot2更新到了4.0.0，伤筋动骨，很多旧参数被遗弃，而Seurat没有跟着更新，所以就报错。

2025年10月27号，igraph更新到了2.2.1，继nei函数之后，dfs的neimode参数也被遗弃了，而monocle没有跟着更新，所以就报错。

确实是很难为新手朋友们啊~这时你查遍全网都找不到解决方案了，ai也不会了，因为太新鲜热乎了，如果我不带单细胞学习小组，我也发现不了。有时候看着这些报错，我就想啊，没有我，你们可咋办~

1.DotPlot画列表的图就报错

ounter(line
Error :The facets argument of facet grid()` was deprecated in ggplot2 2.2.0 and is now defunct.Please use therows argument instead.

这个技能树公众号已经发布了解决方案，请查看 解决方案。

2.自动注释有NA就报错

ounter(lineounter(line
Error in data.frame(...,check.names =FALSE):arguments imply differing number of rows:2900，2874
In addition:Warning message:Removing 26 cells missing data for vars requested

以前有NA是不报错的，在图上显示灰色而已。现在不行了，直接报错了。解决办法是把NA改成unknown或者其他类似表示"未知"的单词。

在箭头处加一句代码:

ounter(line
new.cluster.ids[is.na(new.cluster.ids)] = "unknown"

3.Ordercell报错neimode参数弃用

ounter(lineounter(lineounter(line
Error :
!The `neimode`argument of `dfs()`was deprecated in igraph 1.3.0and is now defunct.
! Please use themode`argument instead.

也不知道瞎更新啥，改个参数名字有啥用。上次有个类似错误，我改写了他们的源码包去解决，这次又是一样的问题,所以还是得靠我来改源码包。我在原来的分享中直接更新了文件，获取文件的方式请看方法三，请点击链接查看文件安装和下载方式。

做拟时序的你，苦igraph已久了吧

希望ggplot2和igraph的作者不要那么勤快，Seurat和monocle的作者不要那么懒。

希望每个需要学单细胞的同学都能发现我这个优秀的学习小组课程，可以少走无数的弯路哈哈哈。

PS：我的小豆花上幼儿园了，小小班，以后请叫我尊贵的幼儿园家长哈哈哈。我的生活也发生了变化，白天接送娃即可，带娃任务量减少，以后可以有更多的时间学习和分享，开发新课程，写新书了。人生第一本书预计下个月底交稿，敬请期待。